针对您提出的“合伙纠纷账目不清如何处理以及在哪里起诉”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、合伙纠纷账目不清的处理方式
协商解决：
- 首先，我建议您与合伙人之间进行坦诚的沟通，共同核对原始凭证、交易记录等资料，尝试达成一致的账目清理方案。这种方式有助于维护合伙人关系，并可能以更经济、高效的方式解决问题。
第三方调解：
- 如果协商无果，您可以考虑请求中立的第三方（如行业协会、人民调解委员会）介入调解。第三方可以利用其专业知识和中立立场，协助梳理账目，促进和解。
民事诉讼：
- 若协商和调解均无法解决问题，且您有充分的证据证明账目不清导致您的权益受损，那么您可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，法院会审查双方提供的证据和合伙协议，必要时可能会委托专业审计机构对合伙账目进行审计，以确保判决的公正性和准确性。
刑事诉讼（如涉嫌刑事犯罪）：
- 在调查过程中，如果发现存在涉嫌刑事犯罪的情形（如职务侵占或挪用资金），那么应按刑事诉讼程序处理。您需要向公安机关报案，由公安机关立案侦查，并追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
二、起诉的准备工作及管辖法院的选择
起诉前的准备工作：
- 在提起诉讼前，您需要收集充分的证据，包括但不限于合伙协议、出资凭证、交易记录、通信记录、账目记录及往来凭证等。这些证据将用于证明账目的不清晰及其带来的损失。
- 同时，您需要明确自己的诉讼请求，如要求分割合伙财产、确认亏损分担比例或赔偿损失等。
管辖法院的选择：
- 根据法律规定，您应向有管辖权的人民法院提起诉讼。通常，这遵循原告就被告原则或合同履行地等相关规定。具体来说，如果合伙协议中有约定管辖法院，则按照约定执行；如果没有约定，则通常向被告住所地或合同履行地的人民法院提起诉讼。
三、法院的审理与判决
审查证据与合伙协议：
- 法院受理案件后，会审查双方提供的证据和合伙协议，以明确双方的权利义务关系及合伙经营的实际状况。
可能要求审计或鉴定：
- 若账目存在模糊不清或争议较大，法院可能会要求双方进行账目审计或委托专业机构进行鉴定。
综合考虑多种因素判决：
- 法院在判决时会综合考虑合伙合同的约定、合伙经营的实际情况、双方的过错程度及损失情况等因素，做出公正合理的判决。判决结果可能涉及利润分配、债务承担、损失赔偿等方面。
四、其他建议
- 咨询专业律师：在整个过程中，我建议您寻求熟悉商业诉讼和合伙企业法的律师帮助。律师可以评估案件情况，提供法律意见，并代表您进行诉讼。
- 保持冷静理性：合伙纠纷涉及复杂的情感和利益关系，保持冷静理性，寻求专业法律和财务建议是非常必要的。
综上所述，合伙纠纷账目不清时，您应首先尝试通过协商或第三方调解解决问题。若无法解决，且证据充分，则可依法向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。同时，也要关注可能涉及的刑事风险，确保自身合法权益得到保护。希望这些解答能对您有所帮助。