包工头与总包签订的抵房协议，在符合法定条件的情况下是有效的。以下从多个角度对此问题进行分析：

一、协议有效的基本条件

1. 双方主体适格：包工头和总包作为协议的双方，必须具备相应的民事行为能力。即，他们应当是能够独立承担民事责任的自然人、法人或其他组织。
2. 意思表示真实：协议的签订必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时存在重大误解或显失公平，该协议可能因意思表示不真实而被撤销或变更。
3. 内容合法合规：协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗。例如，协议中约定的抵房价格应当合理，不得存在恶意串通损害国家、集体或第三人利益的情况。
4. 形式要件完备：虽然抵房协议不一定需要采用书面形式，但为了确保协议的明确性和可证明性，建议采用书面形式签订。此外，如果涉及不动产的转让，还应当依法办理相关登记手续。

二、协议可能无效的情形

1. 违反法律法规强制性规定：如果协议的内容违反了法律法规的强制性规定，如未经批准擅自转让国有土地使用权等，该协议将被认定为无效。
2. 恶意串通损害他人利益：如果包工头和总包在签订协议时存在恶意串通，损害国家、集体或第三人利益的情况，该协议也将被认定为无效。
3. 以合法形式掩盖非法目的：如果双方以签订抵房协议的形式掩盖非法目的，如逃避债务、洗钱等，该协议同样将被认定为无效。

三、法律建议

1. 审查协议内容：在签订抵房协议前，双方应当仔细审查协议的内容，确保协议符合法律法规的规定，不存在无效或可撤销的情形。
2. 咨询专业律师：由于抵房协议涉及的法律问题较为复杂，建议双方在签订协议前咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。
3. 办理相关手续：如果协议涉及不动产的转让，双方应当依法办理相关登记手续，以确保协议的履行和权益的保障。

四、可能产生的法律后果

如果抵房协议被认定为无效或可撤销，双方将无法依据协议主张权利或履行义务。此时，双方可能需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议，并可能承担因协议无效或可撤销而产生的法律责任。

综上所述，包工头与总包签订的抵房协议在符合法定条件的情况下是有效的。但为了确保协议的合法性和有效性，建议双方在签订协议前仔细审查协议内容、咨询专业律师的意见，并依法办理相关手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。