结论：工资由另一个公司发放，并不影响您在原公司的工作年限（工龄）的认定，但具体是否计入清算工龄需根据实际情况判断，包括原公司是否认可、是否涉及关联公司用工关系以及劳动合同和社保缴纳情况等。以下从不同角度为您详细分析：
一、工作年限（工龄）的认定原则
工作年限（工龄）的认定，通常依据的是劳动者与用人单位之间实际建立的劳动关系，以及劳动者为用人单位提供劳动的时间。工资发放主体并非决定工作年限的唯一因素。即使工资由另一个公司发放，只要您实际上是在为原公司工作，且原公司对此予以认可，那么您在原公司的工作年限（工龄）就应当得到认定。
二、可能影响清算工龄的因素
原公司是否认可：
- 如果原公司明确认可您在其工作期间的工作年限，并愿意将这部分年限计入清算工龄，那么您的权益将得到保障。
- 如果原公司不认可，您可能需要提供证据证明您实际上是在为原公司工作，如工作记录、考勤记录、工作成果等。
关联公司用工关系：
- 如果发放工资的公司与原公司存在关联关系（如母子公司、兄弟公司等），且这种关联关系得到了劳动行政部门的认可，那么您的工作年限（工龄）可能会被视为连续计算。
- 但如果这种关联关系未得到认可，或者存在利用关联关系逃避法律责任的情况，那么您的工作年限（工龄）认定可能会受到影响。
劳动合同和社保缴纳情况：
- 如果您与原公司签订了劳动合同，并且社保也是由原公司缴纳的，那么这将是证明您与原公司存在劳动关系的有力证据。
- 如果劳动合同是与发放工资的公司签订的，或者社保是由其他公司缴纳的，那么您可能需要提供其他证据来证明您实际上是在为原公司工作。
三、法律建议
收集证据：
- 保留好与原公司的工作记录、考勤记录、工作成果等证据，以证明您实际上是在为原公司工作。
- 如果可能的话，尽量获取原公司对您工作年限（工龄）的书面认可。
与原公司协商：
- 在清算过程中，与原公司积极协商，争取将您的工作年限（工龄）计入清算工龄，以保障您的合法权益。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，您可以向当地劳动行政部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的权益。
四、可能的法律后果
- 如果您的工龄得到认定，您将有权享受相应的工龄待遇，如经济补偿、年假等。
- 如果您的工龄未得到认定，您可能会失去这些待遇，甚至可能面临劳动争议和诉讼风险。
最后，工资由另一个公司发放并不直接影响您在原公司的工作年限（工龄）的认定，但具体是否计入清算工龄需根据实际情况判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为您服务。