行政机关委托有资质的机构测绘违建面积，并不需要当事人的同意。以下从多个角度进行分析说明：

行政机关的执法权限

行政机关在履行其行政管理职责时，依法享有相应的执法权限。对于违法建筑的查处，行政机关有权进行调查、取证，包括委托有资质的机构对违建面积进行测绘。这是行政机关依法行使职权的一部分，不需要当事人的同意。

测绘的目的与性质

测绘违建面积的目的是为了准确掌握违法建筑的规模、面积等关键信息，为后续的行政处罚、拆除等执法行为提供依据。这种测绘行为属于行政机关的执法活动，具有强制性和公权力性质，与当事人之间的民事行为不同，不需要当事人的同意。

当事人的权利与义务

虽然当事人不需要同意测绘行为，但他们在行政机关执法过程中享有相应的权利，如陈述权、申辩权等。如果当事人对测绘结果有异议，可以在行政机关作出行政处罚决定前提出陈述和申辩，或者依法申请行政复议或提起行政诉讼。同时，当事人也有义务配合行政机关的执法活动，包括提供必要的资料和协助测绘工作。

法律依据

根据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规的规定，行政机关在查处违法行为时，有权依法进行调查、取证，包括委托有资质的机构进行测绘。这些法律法规并未规定需要当事人的同意才能进行测绘。

实际操作中的注意事项

虽然不需要当事人的同意，但行政机关在委托测绘机构进行测绘时，应当确保测绘机构的资质合法、测绘方法科学、测绘结果准确。同时，行政机关也应当依法保障当事人的合法权益，如及时告知测绘结果、听取当事人的陈述和申辩等。

总结来说，行政机关委托有资质的机构测绘违建面积，是依法行使职权的行为，不需要当事人的同意。如果当事人对测绘结果有异议或认为行政机关的执法行为侵犯了其合法权益，可以依法通过行政复议或行政诉讼等途径进行维权。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。