公司入职时签订保密协议是合法的，但前提是协议内容必须合法、合理，且明确双方的权利和义务。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条：明确规定用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。这一条款为签订保密协议提供了直接的法律基础。
2. 《中华人民共和国劳动法》第二十二条：也支持劳动合同当事人在劳动合同中约定保守用人单位商业秘密的有关事项，进一步强化了保密协议的合法性。
3. 《反不正当竞争法》第九条：虽然主要规范的是经营者之间的竞争行为，但也间接支持了企业保护其商业秘密的合法性，从而为保密协议的签订提供了间接的法律支撑。

二、保密协议的合法性条件

1. 双方自愿：保密协议的签订必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。这是保密协议有效的基本前提。
2. 内容合法：保密协议的内容不得违反法律法规的强制性规定，不得损害国家、集体或他人的合法权益。例如，协议中不得要求员工承担不合理的保密义务，如禁止员工在任何情况下透露任何信息，这可能会侵犯员工的言论自由等基本权利。
3. 明确保密范围：保密协议应明确界定需要保密的信息范围，如技术信息、经营信息等，以便员工清楚了解哪些信息属于保密范畴。这有助于避免因保密范围不明确而引发的纠纷。
4. 合理补偿（如适用）：对于涉及竞业限制的保密协议，用人单位应按照法律规定给予员工合理的经济补偿。虽然一般的保密义务并不必然要求经济补偿，但竞业限制条款通常伴随着经济补偿的约定，以平衡用人单位和员工的利益。

三、保密协议的作用

1. 保护企业利益：通过签订保密协议，企业可以确保其核心技术和商业机密不被泄露，从而维护自身的竞争优势和市场地位。这对于企业的长期发展至关重要。
2. 规范员工行为：保密协议明确了员工在任职期间及离职后的保密义务，有助于规范员工的行为，防止因个人疏忽或故意行为导致企业信息泄露。这有助于维护企业的正常运营秩序。
3. 法律保障：一旦员工违反保密协议，企业可以依据协议内容追究其法律责任，包括要求赔偿损失等。这为企业提供了有效的法律武器来维护自身权益。

四、注意事项

1. 员工应仔细阅读协议条款：在签订保密协议前，员工应仔细阅读协议条款，确保自己清楚理解各项权利和义务。如果对协议内容有疑问，应及时向用人单位咨询。
2. 评估自身能力：员工应考虑自己是否能够胜任涉及保密信息的工作，并有能力履行保密义务。如果认为自己无法承担保密责任，可以与用人单位沟通协商。
3. 关注合法权益：虽然保密协议是为了保护企业的利益，但也不能忽视员工的合法权益。例如，协议中的违约责任条款应合理合法，不应设置过于苛刻的条款。

总结来说，公司入职时签订保密协议是合法的，但关键在于协议内容的合法性与合理性。用人单位在制定保密协议时，应确保不违反法律法规，不过度限制员工权益；而员工也应充分了解并遵守协议内容，以维护双方的合法权益。如果您在签订保密协议过程中遇到任何问题或疑问，可以直接向我咨询。