对交通事故判罚认定书存有异议时，通常不是直接向上级部门申诉，而是可以通过申请复核或提起行政诉讼等法律途径来维护自身权益。以下是对此问题的详细分析：
一、申请复核
法律依据：
- 根据《道路交通事故处理程序规定》第七十一条，当事人对道路交通事故认定或者出具道路交通事故证明有异议的，可以自道路交通事故认定书或者道路交通事故证明送达之日起三日内提出书面复核申请。
复核申请流程：
- 当事人需向作出道路交通事故认定的公安机关交通管理部门提出复核申请，并提交复核申请书、身份证明、道路交通事故认定书或证明等材料。
- 复核申请应当载明复核请求及其理由和主要证据。
复核结果：
- 上一级公安机关交通管理部门自受理复核申请之日起三十日内，会对相关内容进行审查，并作出复核结论。
- 复核原则上采取书面审查的办法，但当事人提出要求或者公安机关交通管理部门认为有必要时，可以召集各方当事人到场，听取各方意见。
二、提起行政诉讼
法律依据：
- 如果复核结果仍不能令当事人满意，或者当事人认为交通事故认定书存在错误，且该错误对当事人的权益产生了实质性影响，那么当事人可以依法向人民法院提起行政诉讼。
诉讼流程：
- 当事人需准备起诉状、证据材料等，并按照法院的要求提交。
- 法院会依法受理并审理案件，根据事实和法律规定作出判决。
三、注意事项
时效性：
- 无论是申请复核还是提起行政诉讼，都需要注意时效性。复核申请需在收到交通事故认定书之日起三日内提出，而行政诉讼则需在知道或应当知道行政行为之日起六个月内提出。
证据收集：
- 在申请复核或提起行政诉讼前，当事人应尽可能收集相关证据，如现场照片、视频、证人证言等，以支持自己的主张。
法律咨询：
- 由于交通事故认定书的复核和行政诉讼都涉及复杂的法律程序和专业知识，因此当事人在处理此类问题时，建议咨询专业律师，以确保自身权益得到充分保障。
总结来说，对交通事故判罚认定书存有异议时，当事人应首先考虑申请复核，如果复核结果仍不能令其满意，或者认为交通事故认定书存在错误且对权益产生了实质性影响，那么可以依法向人民法院提起行政诉讼。在处理此类问题时，务必注意时效性和证据收集，并建议咨询专业律师以获取更全面的法律支持。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。