工伤发生超过三年，单位在申请劳动鉴定时可能提出的拒绝理由主要包括以下几点：

1. 超过申请时效：

   • 法律依据：根据《工伤保险条例》第十七条的规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
   • 分析：若工伤发生超过三年，且未在上述规定的时限内提出工伤认定申请，单位可能会以超过申请时效为由拒绝配合或提出异议。但需注意，若存在特殊情况（如不可抗力等），且经社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长，不过这种情况较为罕见且需严格符合法定条件。

2. 未及时进行工伤认定：

   • 分析：即使单位在事故发生后未及时提出工伤认定申请，工伤职工或其近亲属、工会组织也应在一年内提出。若超过这一期限且未获得社会保险行政部门的延长批准，将可能导致无法进行工伤认定，进而影响后续的劳动能力鉴定和赔偿。单位可能会以此为由，认为已丧失进行劳动鉴定的基础。

3. 劳动关系争议：

   • 分析：若工伤发生时或之后，工伤职工与单位之间存在劳动关系争议（如是否构成劳动关系、劳动关系是否存续等），单位可能会以劳动关系不明确或已终止为由，拒绝配合进行劳动鉴定。这种情况下，需要先通过劳动仲裁或诉讼确认劳动关系，再行进行工伤认定和劳动鉴定。

4. 证据缺失或不足：

   • 分析：在进行工伤认定和劳动鉴定时，需要提供充分的证据来证明工伤事实、伤害程度等。若因时间过长导致相关证据（如医疗记录、证人证言等）缺失或不足，单位可能会以此为由质疑工伤的真实性或伤害程度，进而拒绝配合或提出异议。

针对上述情况，建议如下：

• 及时咨询并行动：若工伤发生后未及时进行工伤认定和劳动鉴定，应尽快咨询专业律师，了解具体法律程序和可能的风险，以便采取相应措施。
• 收集并保存证据：尽可能收集并保存与工伤相关的所有证据，包括医疗记录、事故现场照片、证人证言等，以备不时之需。
• 协商与调解：在可能的情况下，尝试与单位进行协商或调解，寻求双方都能接受的解决方案。
• 法律途径：若协商无果，可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身权益。

若您在工伤鉴定和赔偿方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。