核心结论：市场监管局在不知情的情况下查获侵权商品，若能说明商品来源，暂扣商品的处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 若市场监管局已初步认定侵权行为成立
   根据《商标法》第六十二条及《产品质量法》第十八条，市场监管局有权查封、扣押涉嫌侵权的商品。此时即使经营者能说明商品来源（如提供合法进货凭证、供应商信息等），仍需配合调查，暂扣商品不会立即解除。市场监管局会进一步核实来源的真实性，若供应商确实存在侵权行为，商品可能被没收并处罚款；若来源合法（如供应商有授权或商品本身不侵权），则商品会解除扣押并返还。

2. 若经营者能证明“合法来源抗辩”成立
   根据《商标法》第六十四条第二款，若经营者能证明商品是自己合法取得（如通过正规渠道进货、支付合理对价）且说明提供者，可不承担赔偿责任，但需停止销售。此时市场监管局可能仅要求下架商品，暂扣措施可能提前解除，但需以调查结果为准。

3. 若商品来源无法核实或存在其他违法情形
   若经营者无法提供有效来源证明，或商品存在质量不合格、伪造产地等违法行为，市场监管局将依据《商标法》《产品质量法》等法规，对商品进行没收、销毁，并对经营者处以罚款；情节严重的，可能吊销营业执照。

建议行动：

• 立即整理进货合同、发票、供应商资质等证明材料，主动向市场监管局提交，说明商品来源的合法性；
  
• 配合调查，避免隐匿或销毁证据，否则可能加重处罚；
  
• 若对暂扣措施有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。