结论前置：申请反诉的时间主要取决于诉讼程序的具体阶段，一般在一审举证期限届满前或法庭辩论终结前提出，二审中则主要通过调解处理，不成则需另行起诉。以下是详细分析：
一、一审程序中的反诉时间
举证期限届满前：
- 在一审程序中，被告原则上应在举证期限届满前提出反诉。举证期限是法院指定的当事人提交证据的时间段，通常是在被告收到原告起诉状副本后的一段时间内。这一规定旨在确保原告有足够的时间准备答辩，同时法院也能准确确定争议焦点，提高诉讼效率。
法庭辩论终结前：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百三十二条，即使超过了举证期限，被告在案件受理后至法庭辩论结束前的任何时间内仍有权提出反诉。法庭辩论终结前是诉讼程序中的一个关键节点，此时双方当事人已经充分陈述了各自的观点和证据，法院对案件事实有了较为全面的了解。若反诉与本诉有牵连关系，且可以合并审理，法院应当合并审理，以在一次诉讼程序中尽可能解决双方的全部争议。
二、二审程序中的反诉处理
调解为主：
- 在二审程序中，原审被告提出反诉的，二审法院应首先尝试根据当事人自愿的原则进行调解。调解是二审程序中处理反诉的一种重要方式，旨在通过协商达成双方都能接受的解决方案，避免诉讼的进一步升级和资源的浪费。
另行起诉：
- 若调解不成，二审法院将告知当事人另行起诉。这是因为二审主要是对一审判决的审查和监督，直接审理新提出的反诉可能剥夺当事人的上诉权等程序权利，不利于司法公正。因此，在二审中提出反诉且调解不成的，被告需另行向法院提起诉讼。
三、特殊情况下的反诉时间
- 重审程序中的反诉：
- 对于二审发回重审或再审发回重审的案件，如果符合法定情形，被告在重审程序中仍然有权提起反诉。重审程序是对原判决的重新审理，其诉讼程序与一审程序相似。因此，被告在重审程序中提起反诉的时间应遵循一审程序的相关规定，即原则上在举证期限届满前或法庭辩论终结前提出。
四、反诉的独立性与条件
独立性：
- 反诉是被告提出的独立诉讼请求，其存在不依赖于本诉的结果。即使原告撤诉或本诉被驳回，被告的反诉仍可继续进行。这一特性体现了反诉的独立性和自主性，确保了被告在诉讼中的合法权益得到充分保障。
提起条件：
- 反诉的提起必须符合《民事诉讼法》关于起诉的一般条件，如原告是与本案有直接利害关系的公民、法人或其他组织；有明确的被告；有具体的诉讼请求和事实、理由；属于法院受理民事诉讼的范围和受诉法院管辖等。同时，反诉的诉讼请求必须与本诉的诉讼请求在事实或法律上有牵连性，以确保诉讼的合并审理具有合理性和必要性。
总结：申请反诉的时间因诉讼程序阶段的不同而有所差异。在一审程序中，被告原则上应在举证期限届满前或法庭辩论终结前提出反诉；在二审程序中，则主要通过调解处理，调解不成则需另行起诉。在特殊情况下，如重审程序中，被告仍有权提起反诉。在提起反诉时，被告应确保反诉符合法律规定的条件，并注意反诉的独立性和提起时间的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。