刑事卷宗并非全部保留在公安机关，而是根据案件所处的不同阶段，由相应的司法机关进行保管。具体来说：
侦查阶段：在刑事案件的侦查阶段，卷宗主要由公安机关负责保管。公安机关在办理刑事案件过程中，会形成一系列的诉讼卷和侦查工作卷，这些卷宗详细记录了案件的受理、立案、侦查等各个环节，是公安机关进行侦查活动的重要依据。
审查起诉阶段：当案件侦查终结，公安机关认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，应当追究刑事责任的，会写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。此时，卷宗会从公安机关移送至人民检察院，由人民检察院进行保管和审查。
审判阶段：如果人民检察院认为案件符合起诉条件，会向人民法院提起公诉。在审判阶段，卷宗会进一步移送至人民法院，由人民法院进行保管，并作为审判的重要依据。
卷宗的保管还涉及一些重要的管理和保密措施：
立卷要求：公安机关、人民检察院和人民法院都应按照规定和标准，对案件材料进行分类整理、编目装订，形成规范的卷宗。这要求材料齐全、内容完整、排列有序、编目清晰。
保密措施：卷宗中可能包含涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的敏感信息，因此必须采取严格的保密措施，防止泄露。这包括对卷宗的存放、查阅、借阅等环节进行严格管理。
查阅与借阅：内部需要查阅、借阅卷宗的，需经过相应的审批手续。外部单位或个人（如律师、其他司法机关等）因工作需要查阅卷宗的，也必须按照法律规定和相关程序办理申请、审批等手续。例如，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，辩护律师自人民检察院对案件审查起诉之日起可以查阅、摘抄、复制本案的案卷材料。
保存期限：卷宗的保存期限根据案件的性质、重要程度等因素确定。一般不少于30年，对于重大、复杂或具有典型意义的案件，应长期保存；对于一些相对简单、影响较小的案件，可短期保存。重要的文件材料，如行政处罚案卷等，甚至需要永久保存。
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