故意毁坏三棵果树是否可以立案，不能仅凭数量判断，而是需要结合树苗的价值、毁坏行为的次数与方式、参与人数以及行为的社会影响等多方面因素进行综合判断。以下是对此问题的详细解析：

1. 刑事立案标准：

   • 根据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》第三十三条，故意毁坏公私财物，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
     • 造成公私财物损失五千元以上的：果树的价值评估需考虑品种、树龄、规格及市场价格等因素。若三棵果树的价值累计超过五千元，则可能触发刑事立案。
     • 毁坏公私财物三次以上的：若行为人多次故意毁坏果树，累计达三次及以上，无论每次毁坏的数量或价值如何，均可能符合立案条件。
     • 纠集三人以上公然毁坏公私财物的：若三人或更多人共同故意且公然毁坏果树，不论造成的财物损失金额，都应立案追诉。“公然”通常指在公共场所或众目睽睽之下实施毁坏。
     • 其他情节严重的情形：如毁坏果树严重影响他人生产经营、导致重大经济损失或破坏有特殊意义的果树（如纪念树、科研用树）等，虽经济价值未达五千元，但情节严重，亦可立案。

2. 治安管理处罚情况：

   • 若故意毁坏果树的行为未达到上述刑事立案标准，则可能依据《中华人民共和国治安管理处罚法》第四十九条进行处理，即处五日以上十日以下拘留，并可并处五百元以下罚款；情节较重的，处十日以上十五日以下拘留，并可并处一千元以下罚款。

3. 实际操作建议：

   • 由于立案标准受多种因素影响，且具体执行由当地执法机关根据实际情况决定，因此，在遇到相关问题时，建议及时向我咨询或向当地执法机关了解情况，以明确自身权利与义务。

举例说明：

• 若三棵果树为珍贵品种，市场价值较高，累计超过五千元，则可能构成刑事案件，应予立案追诉。
• 若行为人多次故意毁坏果树，累计达三次及以上，即使每次毁坏的数量或价值不高，也可能符合立案条件。
• 若三人或更多人共同故意且公然毁坏果树，无论造成的财物损失金额大小，都应立案追诉。

环保与法律责任呼吁：

• 保护环境和生态是每个人的责任。故意毁坏果树不仅可能触犯法律，更是对生态环境的破坏。我们应尊重自然、爱护树木，共同维护美好的生态环境。

如有任何关于侵权损害或其他法律问题的疑问，请直接向我咨询，我会为你提供专业、全面的法律解答。