药材加工一般不允许占用基本农田。以下是对此问题的详细分析：
一、基本农田的保护规定
根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，基本农田是受到严格保护的耕地类型，其用途受到严格限制。基本农田主要用于粮食、棉花、油料、糖料、蔬菜等种植业生产，以确保国家的粮食安全和农业可持续发展。因此，任何单位和个人不得擅自改变基本农田的用途，包括将其用于药材加工等非农业用途。
二、药材加工占用基本农田的法律后果
行政处罚：如果未经批准擅自占用基本农田进行药材加工，将面临县级以上人民政府自然资源主管部门的行政处罚。处罚措施可能包括责令限期改正、没收违法所得、罚款等。在严重情况下，还可能面临限期拆除新建建筑物和其他设施，恢复土地原状的处罚。
刑事责任：如果占用基本农田的行为情节严重，还可能触犯《中华人民共和国刑法》的相关规定，构成非法占用农用地罪。根据刑法规定，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，将面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
三、合法使用土地的建议
了解土地用途规划：在进行药材加工等项目前，应首先了解当地土地用途规划，确保项目用地符合规划要求。如果项目用地涉及基本农田，应寻求合法途径进行土地用途变更或调整。
申请土地用途变更：如果确实需要占用基本农田进行药材加工等非农业用途，应依法向相关部门申请土地用途变更。在申请过程中，需要提供充分的理由和证据，证明项目对当地经济和社会发展的积极影响，以及占用基本农田的必要性和合理性。
遵守相关法律法规：在项目实施过程中，应严格遵守相关法律法规和政策要求，确保项目用地的合法性和合规性。同时，应积极配合相关部门的监管和检查工作，及时整改存在的问题和不足。
总结来说，药材加工一般不允许占用基本农田。如果确实需要占用基本农田进行药材加工等非农业用途，应依法申请土地用途变更并遵守相关法律法规和政策要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。