农业设施用地一般不允许占用基本农田。这是由我国相关法律法规明确规定的，旨在保护基本农田的特殊地位，确保其主要用于粮食生产。

法律法规依据

1. 《基本农田保护条例》明确规定，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内进行破坏基本农田的活动，同时也禁止占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。这一规定强调了基本农田的特殊保护地位。
2. 《关于完善设施农用地管理有关问题的通知》进一步指出，各类畜禽养殖、水产养殖、工厂化作物栽培等设施建设禁止占用基本农田。这体现了对基本农田保护的严格性和全面性。
3. 《中华人民共和国土地管理法》也强调了基本农田的保护，规定基本农田必须严格按照规划用途使用，不得擅自改变其用途。

特殊情况与审批程序

虽然一般情况下农业设施用地不能占用基本农田，但在某些特定情况下，如确实难以避让永久基本农田，且符合相关规划、建设安全和生物防疫等要求时，可能允许使用少量永久基本农田，但必须经过严格的审批程序，并补划同等数量、质量的永久基本农田，确保永久基本农田不减少。

综上所述，农业设施用地应严格遵守相关法律法规，不得擅自占用基本农田。如有特殊需求，应依法依规进行申请和审批。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。