在调查中发现当事人已停止违法行为，是否还需要发责令停止违法行为通知书，需分情况讨论：

1. 若违法行为虽已停止，但存在继续违法或再次违法的可能性：

   • 法律背景：根据《行政处罚法》及相关行政法规，行政机关在发现违法行为时，有权采取措施防止违法行为继续或再次发生。责令停止违法行为通知书不仅是对当前违法行为的制止，也是对未来可能违法行为的预防。
   • 建议：在此情况下，即使违法行为已停止，行政机关仍应发出责令停止违法行为通知书，以明确告知当事人不得再次实施违法行为，并可能包含警告、罚款等后续处罚措施的预告，以起到震慑作用。

2. 若违法行为已彻底停止，且不存在继续违法或再次违法的可能性：

   • 法律背景：行政机关的行政行为应当遵循比例原则，即行政行为的强度应当与违法行为的性质、情节以及社会危害程度相适应。若违法行为已彻底停止，且无继续或再次违法的可能，则发出责令停止违法行为通知书可能显得过于严厉，不符合比例原则。
   • 建议：在此情况下，行政机关可以考虑不发出责令停止违法行为通知书，而是采取其他更温和的行政措施，如口头警告、书面告诫等，以提醒当事人遵守法律法规。然而，若行政机关认为有必要通过书面形式明确记录违法行为及处理结果，也可以发出通知书，但内容应侧重于对违法行为的确认和处理结果的告知，而非责令停止。

3. 从法律程序和证据固定的角度考虑：

   • 法律背景：在行政执法过程中，固定证据是确保行政行为合法性和有效性的关键。发出责令停止违法行为通知书可以作为行政机关对违法行为进行调查和处理的一部分，有助于固定证据，明确违法事实。
   • 建议：即使违法行为已停止，行政机关若认为有必要通过发出通知书来固定证据或明确违法事实，也可以发出。但在此情况下，通知书的内容应详细记录违法行为的性质、时间、地点、情节等关键信息，以及行政机关的处理意见和依据。

总结与建议：

• 在决定是否发出责令停止违法行为通知书时，行政机关应综合考虑违法行为的性质、情节、社会危害程度以及是否存在继续违法或再次违法的可能性等因素。
• 若违法行为虽已停止但存在继续或再次违法的可能，或行政机关认为有必要通过书面形式固定证据或明确违法事实，则应发出通知书。
• 若违法行为已彻底停止且无继续或再次违法的可能，行政机关可以考虑不发出通知书或采取其他更温和的行政措施。

后续行动建议：

• 若您作为当事人或相关方对此有疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。