结论前置：当公司知识产权被违法使用，但发现时对方公司已注销，维权存在一定难度，不过仍可通过以下几种途径尝试维权。

1. 追究股东或实际控制人责任
   • 法律依据：根据《公司法》及相关司法解释，公司解散后，股东应当依法对公司进行清算，若股东未履行清算义务，导致公司财产贬值、流失、毁损或者灭失，或者在公司解散后，恶意处置公司财产给债权人造成损失，或者未经依法清算，以虚假的清算报告骗取公司登记机关办理法人注销登记，债权人主张其对公司债务承担相应赔偿责任的，人民法院应依法予以支持。如果对方公司注销时存在上述违法情形，且该违法使用知识产权的行为给贵公司造成了损失，那么贵公司可以尝试追究股东或实际控制人的责任。
   • 操作方式：首先需要收集对方公司注销时的相关资料，如清算报告、注销登记文件等，查看是否存在上述违法注销的情形。同时，要收集能证明对方公司违法使用知识产权以及给贵公司造成损失的证据，如侵权产品、销售记录、损失评估报告等。然后向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求股东或实际控制人承担赔偿责任。
2. 寻找其他责任主体
   • 情况分析：如果对方公司是因合并、分立等原因注销的，根据《公司法》规定，公司合并时，合并各方的债权、债务，由合并后存续的公司或者新设的公司承继；公司分立前的债务由分立后的公司承担连带责任。但是，公司在分立前与债权人就债务清偿达成的书面协议另有约定的除外。所以，若对方公司是因合并或分立注销，贵公司可以要求合并后存续的公司、新设的公司或者分立后的公司承担侵权责任。
   • 操作方式：收集对方公司合并、分立的相关证据，如合并协议、分立决议、工商变更登记等文件。同时，准备好证明侵权行为和损失的证据，向相关责任主体主张权利，可以通过协商、发送律师函或者提起诉讼等方式进行。
3. 向相关行政部门举报
   • 适用情况：如果对方公司的违法使用知识产权行为违反了相关行政法规，如商标侵权行为违反了《商标法》，专利侵权行为违反了《专利法》等，即使对方公司已经注销，贵公司仍可以向市场监督管理部门、知识产权管理部门等相关行政部门举报。
   • 操作方式：向行政部门提交举报材料，包括对方公司违法使用知识产权的证据、对方公司已注销的情况说明等。行政部门会根据具体情况进行调查处理，如果查实存在违法行为，可能会对相关责任人进行行政处罚，虽然这不能直接弥补贵公司的经济损失，但可以起到一定的警示作用，并且在后续可能的民事诉讼中，行政处罚决定也可以作为证据使用。