结论：公司注册资金在您起诉后从1000万变更为5万，这一变更本身通常不会直接影响您案件的实体审理结果，但可能对执行阶段产生一定影响，同时需关注变更的合法性及是否存在恶意逃避债务的情形。以下从不同角度为您详细分析：
一、对案件实体审理的影响
在诉讼过程中，公司注册资金的变更，一般不影响案件的实体审理。因为案件的审理主要基于双方争议的事实和法律依据，而公司注册资金的多少，并不直接决定公司应承担的法律责任或债务的多少。法院在审理案件时，会依据双方提供的证据和法律规定，来判定公司是否应承担责任以及承担多少责任。
二、对执行阶段的影响
执行能力评估：公司注册资金的减少，可能在一定程度上影响公司对外承担债务的能力。如果公司注册资金大幅减少，且没有相应的资产或收入来支撑其运营和偿债，那么在执行阶段，您可能会面临执行难的问题。即，即使您赢得了诉讼，也可能因为公司没有足够的财产来执行判决而难以获得实际赔偿。
恶意逃避债务的认定：如果公司注册资金的减少是在您起诉之后，且公司没有合理的解释或证据证明这一变更是出于正常的商业运营需要，那么法院可能会认为公司存在恶意逃避债务的行为。在这种情况下，法院可能会采取一系列措施来保障您的权益，比如对公司进行财产保全、限制公司高管的消费等。
三、对公司注册资金变更合法性的审查
合法程序：公司注册资金的变更需要遵循一定的法律程序，包括召开股东会、修改公司章程、办理工商变更登记等。如果公司没有按照这些程序进行变更，那么这一变更可能是无效的。
恶意串通：如果公司与其他股东或相关方恶意串通，通过虚假出资、抽逃出资等方式来减少注册资金，以逃避债务，那么这种行为是违法的，且可能构成犯罪。在这种情况下，您不仅可以要求公司承担责任，还可以追究相关责任人的法律责任。
四、建议与措施
关注公司资产状况：在诉讼过程中，您可以关注公司的资产状况，包括其银行账户、房产、车辆等财产信息。如果发现公司有转移、隐匿财产的行为，您可以及时向法院申请财产保全。
申请调查令：如果您在诉讼过程中需要了解公司的财务状况或注册资金变更的具体情况，您可以向法院申请调查令，要求公司提供相关证据或资料。
追究相关责任人责任：如果发现公司存在恶意逃避债务或违法变更注册资金的行为，您可以追究相关责任人的法律责任，以维护自己的合法权益。
如果您在案件中遇到任何与公司注册资金变更相关的问题或疑虑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。