货款和违约金的诉讼时效通常是单独起算的。以下从不同角度为您详细分析：

法律基础与诉讼时效的独立性

1. 诉讼时效的定义：诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。在货物买卖合同纠纷中，货款和违约金作为两种不同的民事权利，其诉讼时效的起算和计算通常是独立的。

2. 货款诉讼时效：货款是买卖合同中买方应支付给卖方的对价。如果买方未按照合同约定支付货款，卖方有权在知道或应当知道权利受到侵害之日起（通常为合同约定的付款期限届满之日）三年内（根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年）提起诉讼，要求买方支付货款。

3. 违约金诉讼时效：违约金是合同双方约定的，在一方违约时向另一方支付的一定数额的金钱。如果买方或卖方违反合同约定，另一方有权要求支付违约金。违约金的诉讼时效同样从知道或应当知道权利受到侵害之日起计算，且通常与货款诉讼时效独立。例如，如果合同中约定了违约金支付的具体时间或条件，那么违约金的诉讼时效可能从该时间或条件成就之日起计算。

实际情况中的考虑因素

1. 合同条款的约定：合同中可能对货款和违约金的支付时间、方式以及诉讼时效的起算有特别约定。如果合同中有明确约定，那么应按照合同约定执行。

2. 权利主张的连续性：如果卖方在货款诉讼时效期间内持续向买方主张权利（如通过发函、催款等方式），且这些主张能够证明卖方一直在积极行使权利，那么货款诉讼时效可能会因中断而重新计算。同样，如果卖方也针对违约金提出了主张，且该主张与货款主张相互独立，那么违约金的诉讼时效也可能因中断而重新计算。但需要注意的是，货款和违约金的诉讼时效中断是独立的，一方的中断不影响另一方的时效计算。

3. 法律关系的复杂性：在某些情况下，货款和违约金可能存在法律上的关联或牵连关系。例如，如果违约金的支付是以货款未支付为前提的，那么违约金的诉讼时效可能会受到货款诉讼时效的影响。但这种情况并不常见，且需要具体分析合同条款和案件事实。

法律建议

1. 及时主张权利：无论是货款还是违约金，一旦发现对方存在违约行为，应及时向对方主张权利，并保留好相关证据（如合同、发票、催款函等）。

2. 关注诉讼时效：密切关注货款和违约金的诉讼时效起算和截止时间，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。

3. 咨询专业律师：如果涉及复杂的法律关系或合同条款，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和诉讼策略。

如果您在货款和违约金的诉讼时效方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。