针对您提出的“企业用工超时怎么办证”的问题，这通常涉及到企业申请实行特殊工时制度，如不定时工作制或综合计算工时工作制。以下是根据相关法规和政策，为您提供的详细解答：

一、申请条件

企业若因工作性质和生产特点无法实行标准工时制度（即每日工作时间不超过8小时、每周工作时间不超过40小时），且满足以下条件，可以申请实行特殊工时制度：

1. 具备合法的用工主体资格，且生产经营正常；
2. 全员签订劳动合同；
3. 已经开展集体协商，签订集体合同；
4. 已经参加社会保险；
5. 劳动保障书面审查合格；
6. 已经进行劳动用工备案。

二、所需材料

申请实行特殊工时制度，企业通常需要准备以下材料：

1. 申请特殊工时工作制的报告：详细说明申请的原因、目的、实施范围及预期效果等；
2. 《用人单位实行特殊工时工作制申报表》：填写企业的基本信息、申请的特殊工时制度类型、实施岗位等；
3. 用人单位职工代表大会（职工大会）审议特殊工时工作制的决议复印件：包含决议附件《相应岗位实施特殊工时制的执行方案》，证明企业已经经过内部民主程序审议并同意实行特殊工时制度；
4. 其他相关材料：如企业法人营业执照副本复印件、工会意见（或职工代表大会决议）、劳务派遣组织同意意见（如涉及劳务派遣人员）等。

三、办理流程

1. 准备材料：根据上述要求，准备齐全所有申请材料；
2. 递交申请：将申请材料递交至企业工商登记注册地的县级以上同级劳动保障行政部门（或当地人社部门指定的受理窗口）；
3. 收件受理：劳动保障行政部门收到申请材料后，会即时查验材料是否齐全且符合规定，并出具接收清单；
4. 审查决定：劳动保障行政部门会依法对申请材料进行审查，必要时可能进行实地核查。审查通过后，会作出是否许可实行特殊工时制度的决定，并出具相应的行政文书；
5. 送达决定：决定书自作出之日起10日内送达申请人，由申请人在送达回证上记明收到日期，签名或盖章。

四、注意事项

1. 申请时限：劳动保障行政部门应当自受理申请之日起20个工作日内作出决定。如遇特殊情况需延期的，经主管领导批准，可延长10个工作日；
2. 监督检查：劳动保障行政部门会建立完善监督检查制度，加强对许可实行特殊工时制度企业的监督检查。企业应积极配合，确保特殊工时制度的合法合规实施；
3. 档案保管：劳动保障行政部门会将许可实行特殊工时制度企业的相关材料以及监督检查情况的记录认真保管，按照档案管理制度立卷归档。企业也应妥善保管相关材料和记录，以备查验。

五、具体办理渠道及联系方式

由于不同地区的办理渠道和联系方式可能有所不同，建议您根据企业所在地的具体情况，咨询当地的人力资源和社会保障局或劳动保障行政部门，以获取最准确的办理信息和联系方式。

希望以上解答能够帮助您更好地了解企业用工超时如何办证的问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。