大件运输车辆未经许可，不可以仅按照质量进行处罚，而是需要根据具体的超限情况（包括尺寸超标和质量超标）以及相关法律法规的规定来确定处罚标准。以下是对此问题的详细分析：
车货尺寸超标的情况：
- 根据《超限运输车辆行驶公路管理规定》，车货总高度、宽度、长度的超标情况有明确的罚款标准。例如，车货总高度从地面算起未超过4.2米、总宽度未超过3米且总长度未超过20米的，可处200元以下罚款；若车货总高度、宽度或长度超过更高标准，则罚款金额也会相应增加，最高可达3000元。
车货总质量超标的情况：
- 对于车货总质量超标，但未取得超限运输许可擅自行驶公路的，由公路管理机构责令改正，并处3万元以下的罚款。若车货总质量超过限定标准但未超过1000千克的，予以警告；超过1000千克的，每超1000千克罚款500元，最高不得超过3万元。
未经许可擅自行驶公路的违法性：
- 大件运输车辆必须提前向公路管理机构申请许可，并获得批准后才能行驶公路。未经许可擅自行驶公路的，将直接构成违法超限运输，并受到相应的法律制裁。这种制裁不仅限于罚款，还可能包括责令停止违法行为、扣留车辆甚至吊销运输许可证等措施。
地区差异与裁量权：
- 在实际执法过程中，各地可能会根据本地实际情况，在上述法律法规规定的框架内，制定更细化的裁量标准。例如，考虑违法情节的轻重、是否初次违法等因素，在罚款幅度内进行合理裁量。因此，具体的处罚金额可能会因地区而异。
法律建议：
- 鉴于大件运输涉及复杂的法律规定和可能的严厉处罚，建议在进行大件运输前务必取得相应的运输许可，并严格遵守相关法律法规的规定。
- 对于可能存在的地区差异和裁量权，建议咨询当地的交通管理部门或向我（雷渭明律师，专注于经济纠纷、合同纠纷、保险理赔领域）直接咨询以获取最准确的信息和法律指导。
法律后果：
- 若大件运输车辆未经许可擅自行驶公路或存在其他违法超限运输行为，将面临罚款、责令停止违法行为、扣留车辆甚至吊销运输许可证等法律后果。这些后果不仅会对运输单位造成经济损失，还可能影响其声誉和业务运营。
综上所述，大件运输车辆未经许可不可以仅按照质量进行处罚，而是需要根据具体的超限情况和相关法律法规的规定来确定处罚标准。因此，务必确保在进行大件运输前取得相应的许可并遵守相关法律法规。