大件运输车辆未按规定次数通行，将面临行政处罚，具体处罚措施需根据超限程度、违法情节及地方性法规综合判定。以下从不同角度详细说明：

1. 行政处罚的法律依据

根据《中华人民共和国公路法》第五十条及《超限运输车辆行驶公路管理规定》（交通运输部令2016年第62号），大件运输车辆需按审批的路线、时间、次数通行。若未按规定次数通行，属于“未按许可要求行驶公路”的违法行为，可能面临以下处罚：

• 罚款：根据超限程度，罚款金额通常为3万元以下（具体标准由省级交通主管部门制定）。例如，若超限未达10%，可能处较低罚款；若超限严重或多次违法，罚款可能接近上限。
• 责令改正：要求立即停止违法行为，按原许可路线、次数重新运输。
• 信用惩戒：违法信息可能纳入信用记录，影响企业或个人后续运输许可申请。

2. 处罚的情节认定

处罚力度需结合以下情节综合判断：

• 超限程度：车辆实际载重与许可载重的差值。例如，许可载重100吨，实际载重120吨，超限20%，处罚可能重于超限5%的情况。
• 违法次数：首次违法可能从轻处罚；多次违法或拒不改正的，可能从重处罚。
• 危害后果：是否造成公路损坏、交通拥堵或安全事故。若引发事故，可能同时承担民事赔偿及刑事责任（如危险驾驶罪）。

3. 地方性法规的补充规定

部分省份可能制定更严格的处罚标准。例如：

• 江苏省：根据《江苏省公路条例》，超限运输车辆未按许可次数通行的，罚款上限可能提高至5万元。
• 广东省：要求大件运输企业建立内部管理制度，未按规定次数通行且拒不整改的，可能暂停其运输许可资格。

4. 企业与驾驶员的责任划分

• 企业责任：若运输企业未履行管理职责（如未核对许可文件、未监督车辆行驶），可能被认定为共同违法，面临连带处罚。
• 驾驶员责任：驾驶员直接实施违法行为的，可能被单独处罚，并影响其从业资格。

5. 救济途径

若对处罚有异议，可依法申请：

• 行政复议：向作出处罚的上级交通主管部门提出，期限为60日内。
• 行政诉讼：向法院起诉，期限为6个月内。

建议：大件运输企业应严格审核许可文件，建立运输台账；驾驶员需核对许可次数，避免超限行驶。如有具体案件或地方政策疑问，可直接向我咨询，我将结合案例进一步分析。