在审查起诉阶段，讯问犯罪嫌疑人的主体主要是人民检察院，但公安机关在一定条件下和程序下也可以进行讯问。以下是对这一问题的详细分析：
一、讯问主体的法律规定
人民检察院的讯问权：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十三条，人民检察院在审查案件时，应当讯问犯罪嫌疑人，并听取辩护人、值班律师、被害人及其诉讼代理人的意见。这表明，在审查起诉阶段，人民检察院是主要的讯问主体，其讯问犯罪嫌疑人是法定程序的一部分，旨在核实案件事实，保障犯罪嫌疑人的合法权益，并确保案件的公正处理。
公安机关的讯问权：
- 虽然审查起诉阶段主要由人民检察院主导，但公安机关在特定情况下也有权对犯罪嫌疑人进行讯问。这通常发生在案件侦查过程中需要补充证据或进一步核实情况时。例如，若在审查起诉阶段发现新的犯罪线索或证据，需要进一步讯问犯罪嫌疑人以核实情况，公安机关可以在法律规定的程序下进行讯问。
二、讯问的具体规定与程序
讯问主体要求：
- 无论是人民检察院还是公安机关，讯问犯罪嫌疑人必须由侦查人员负责进行，且讯问时侦查人员不得少于二人。这是为了确保讯问的公正性和合法性，防止讯问过程中出现违法行为。
讯问地点：
- 犯罪嫌疑人被送交看守所羁押以后，对其进行讯问应当在看守所内进行。这一规定旨在确保讯问的合法性和安全性，防止犯罪嫌疑人在讯问过程中受到不法侵害。
讯问内容与程序：
- 讯问时，侦查人员应首先询问犯罪嫌疑人是否有犯罪行为，并告知其相关权利和义务。犯罪嫌疑人应对侦查人员的提问如实回答，但对与本案无关的问题有权拒绝回答。讯问过程应制作详细的讯问笔录，并由犯罪嫌疑人核对或宣读后签名确认，以确保讯问的准确性和完整性。
三、讯问的限制与权利保障
讯问限制：
- 在讯问过程中，严禁使用刑讯逼供、诱供、骗供等非法手段。对于任何形式的非法讯问行为，犯罪嫌疑人均有权提出控告，并依法追究相关人员的刑事责任。这是为了保障犯罪嫌疑人的合法权益不受侵犯，确保讯问的合法性和公正性。
权利保障：
- 公安机关和人民检察院在讯问犯罪嫌疑人时，必须充分尊重其合法权益和人格尊严。对于特殊群体（如聋、哑人士、未成年人等），应提供适当的辅助措施和保障措施，确保其能够平等地参与讯问过程。例如，为聋、哑人士提供手语翻译，为未成年人提供合适的讯问环境和方式等。
四、实际应用中的注意事项
- 在审查起诉阶段，虽然人民检察院是主要的讯问主体，但公安机关在必要时也可进行讯问。此时，公安机关应严格遵守法律规定的程序和要求，确保讯问的合法性和有效性。例如，公安机关在讯问前应向人民检察院提出申请，并说明讯问的理由和目的；讯问过程中应严格遵守法定程序，确保犯罪嫌疑人的合法权益不受侵犯。
- 对于犯罪嫌疑人来说，了解其权利和义务至关重要。在讯问过程中，应保持冷静、配合调查，并对于与本案无关的问题有权拒绝回答。同时，也应积极维护自己的合法权益，对于任何形式的非法讯问行为及时提出控告。例如，若犯罪嫌疑人在讯问过程中遭受刑讯逼供等非法行为，应及时向人民检察院或相关部门提出控告，并保留相关证据以维护自己的合法权益。
综上所述，无论是在人民检察院还是公安机关进行的讯问，都必须严格遵守法律规定的程序和要求，确保讯问的合法性、有效性和公正性。同时，也应充分保障犯罪嫌疑人的合法权益和人格尊严，确保其在讯问过程中的平等地位和正当权益不受侵犯。如果您在审查起诉阶段遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。