公司起诉员工，管辖法院的确定主要依据案件的性质和具体的法律规定，以下分情况讨论：

1. 劳动争议案件：

   • 若公司起诉员工涉及的是劳动争议，如工资支付、解除劳动合同等，根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议案件由用人单位所在地或者劳动合同履行地的基层人民法院管辖。这意味着，公司可以选择向其所在地或员工实际工作地的基层法院提起诉讼。
   • 法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十一条：“劳动争议仲裁委员会负责管辖本区域内发生的劳动争议。劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。双方当事人分别向劳动合同履行地和用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁的，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。”（虽此条为仲裁管辖，但诉讼管辖通常与仲裁管辖地域一致，且诉讼中直接引用的是民事诉讼法关于地域管辖的规定，结合劳动争议特殊性，实践中多以此为参考确定诉讼管辖）同时，根据《中华人民共和国民事诉讼法》中关于地域管辖的一般原则，结合劳动争议的特殊性，实践中劳动争议诉讼案件多由劳动合同履行地或用人单位所在地法院管辖。

2. 非劳动争议案件：

   • 如果公司起诉员工的事由不属于劳动争议，而是如侵犯公司财产权、商业秘密等普通民事纠纷，那么管辖法院的确定将依据《中华人民共和国民事诉讼法》的一般规定。根据该法，对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。因此，在这种情况下，公司需要向员工住所地或经常居住地的基层法院提起诉讼。
   • 法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》第二十二条：“对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。”

特殊情况说明：

• 如果公司起诉员工的事由既涉及劳动争议又涉及其他普通民事纠纷，且这两种纠纷在法律上可分，那么公司可以分别向有管辖权的法院提起诉讼。如果不可分，则可能需要根据具体案情和法院的裁定来确定管辖法院。
• 在实际操作中，如果公司对管辖法院有疑问或不确定，建议咨询专业律师或相关法律机构，以确保诉讼的顺利进行。

总结与建议：

• 公司起诉员工时，应首先明确案件的性质，以确定适用的法律规定和管辖法院。
• 在准备提起诉讼前，建议公司收集并整理好相关证据材料，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
• 如果对管辖法院有疑问或不确定，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律分析和建议。