核心结论：签了因公司原因离职的协议后，是否还能申请劳动仲裁，取决于协议的具体内容及双方的履行情况。若协议存在重大误解、显失公平、欺诈胁迫等情形，或单位违反了协议，劳动者仍有可能获得仲裁机构的支持；反之，若协议合法有效且双方均依约履行，则一般不能仲裁。以下是对此问题的详细分析：

一、可以申请劳动仲裁的情况

1. 协议存在瑕疵：

   • 重大误解：若劳动者对协议中的关键条款（如赔偿金额、离职原因等）存在误解，导致签订并非真实意思表示，可申请仲裁撤销协议并主张权益。例如，公司以“个人原因”填写离职申请，但实际是公司裁员且未支付经济补偿，劳动者可主张协议无效。
   • 显失公平：若协议内容严重偏向用人单位，权利义务极不对等（如仅支付极低补偿金），损害劳动者合法权益，仲裁机构可能受理并审查。
   • 欺诈、胁迫或乘人之危：若用人单位以不正当手段（如威胁扣发工资、不办理离职手续等）迫使劳动者签订协议，劳动者有权申请仲裁撤销协议并要求合理赔偿。

2. 单位违反协议：

   • 若用人单位在签订协议后未按照约定履行义务（如未支付赔偿金、未办理社保转移等），劳动者可依据协议内容提出劳动仲裁申请，要求单位承担相应责任。

二、较难得到仲裁支持的情况

• 协议合法有效且已履行：若离职协议是双方真实意思表示，内容不违反法律法规的强制性规定，且双方均已按协议履行完毕（如公司已支付赔偿金、劳动者已办理离职手续），仲裁机构一般会认定协议有效，驳回劳动者的仲裁请求。
• 协议明确无纠纷：若协议中明确表明双方无任何形式的劳动纠纷，且劳动者已明确表示放弃其他相关权益（如放弃追讨加班费、未休年假工资等），即便提出劳动仲裁，也难以获得有利结果。

三、签署离职协议的注意事项

为确保协议的合法性和有效性，以及避免后续的纠纷，劳动者在签署离职协议时应注意以下几点：

1. 离职原因明确：协议中应明确离职原因（如公司裁员、合同到期不续签等），避免模糊表述导致权益受损。
2. 赔偿项目明确：协议中应详细列明赔偿的具体项目（如经济补偿金、未休年假工资、加班费等），确保无遗漏。
3. 表达意思清楚：区分“赔偿”与“补偿”的含义，确保协议中使用的词汇准确反映双方的真实意图。
4. 权利义务终结：协议末尾应加上权利义务终结的条款（如“协议双方履行以后，纠纷了结”、“双方无涉”等），以确保纠纷的一次性解决。

四、劳动仲裁流程简介

若劳动者决定申请劳动仲裁，需遵循以下步骤：

1. 提交申请：在争议发生后一年内，向仲裁委员会递交仲裁申诉书，并附上相关证据材料。
2. 受理决定：仲裁委员会在收到申诉书后五日内作出是否受理的决定，并通知劳动者。
3. 开庭通知：仲裁庭开庭五日前书面通知双方当事人，告知开庭时间、地点等事项。
4. 开庭审理：包括明确请求、答辩、调查事实、举证质证、辩论、陈述等环节，双方应按时参加并充分发表意见。
5. 裁决或调解：若调解不成，仲裁庭将进行裁决，作出最终的处理决定。劳动者对裁决结果不服的，可在规定时间内向人民法院提起诉讼。

律师建议：在签署离职协议前，劳动者应仔细审阅条款内容，确保自身权益不受损害。若对协议内容存在疑问或不确定之处，建议咨询专业律师以获取法律意见。在发生纠纷时，应依法维护自己的合法权益，及时申请劳动仲裁或提起诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。