结论前置：针对同一征地补偿款分两次发放是否可以分两次起诉的问题，需分情况讨论，具体如下：

1. 若两次发放基于同一补偿协议或同一法律事实，且补偿款总额明确
   根据《民事诉讼法》“一事不再理”原则，同一法律关系下的权利义务应一次性主张。若两次发放仅是支付方式上的分期履行（如首次发放50%、剩余50%后续发放），且补偿协议未约定可分割诉讼，则不宜分两次起诉。此时应将两次发放视为整体，在首次起诉时主张全部补偿款，避免因分次诉讼导致司法资源浪费或法院以“重复起诉”为由驳回后续诉求。

2. 若两次发放基于不同法律事实或补偿协议，或存在部分款项性质争议
   例如：首次发放的是土地补偿款，第二次发放的是地上附着物补偿款，且两者计算标准、权利主体存在差异；或首次发放后，因政策调整、面积复核等原因需追加补偿款。此时可分两次起诉，但需注意：

   • 需明确每次起诉的请求权基础（如不同补偿项目的法律依据）；
     
   • 需保留首次诉讼的裁判文书作为后续诉讼的证据（如证明已发放部分金额）；
     
   • 需避免两次诉讼的请求存在重叠（如首次主张全部补偿款，第二次又主张部分款项，可能被认定为重复起诉）。

3. 实务建议

   • 优先协商或行政程序：若对发放方式有异议，可先通过与征收部门协商、申请行政复议等方式解决，降低诉讼成本；
     
   • 诉讼策略选择：若决定起诉，建议一次性主张全部权利，并在诉状中明确补偿款的构成（如土地补偿费、安置补助费、青苗补偿费等），避免分次诉讼的风险；
     
   • 证据固定：无论分次或一次性起诉，均需保留补偿协议、发放凭证、征收公告等证据，以证明补偿款的计算依据及发放情况。

总结：是否分两次起诉需结合补偿款的性质、发放依据及诉讼目的综合判断。若您面临此类问题，可直接向我提供补偿协议、发放记录等材料，我将进一步分析诉讼策略。