结论：结清证明的开具并不必然要求收回正本合同，是否需要收回正本合同取决于双方的具体约定以及交易习惯。
分析说明：
合同约定优先：
- 在合同法律关系中，双方当事人的约定具有优先效力。如果合同中明确规定了结清证明开具时需要收回正本合同，那么双方应当遵循这一约定。
- 若合同中没有此类明确约定，则是否需要收回正本合同便成为了一个可协商的事项，而非法律强制要求。
交易习惯的影响：
- 在某些行业或交易中，存在特定的交易习惯或行业惯例。这些习惯或惯例可能对结清证明的开具以及正本合同的处理有特定要求。
- 如果双方均遵循某一交易习惯，且该习惯要求结清证明开具时收回正本合同，那么双方应当按照这一习惯执行。
法律原则与目的：
- 结清证明的主要目的是确认双方之间的债权债务关系已经了结，避免未来可能出现的纠纷。
- 收回正本合同并非结清证明开具的必然要求，其目的可能在于防止合同被重复使用或产生其他不必要的法律风险。然而，这一目的并非绝对，且可以通过其他方式（如合同注销、标记作废等）实现。
实际操作建议：
- 明确约定：在签订合同时，双方可以明确约定结清证明开具时是否需要收回正本合同，以及具体的处理方式。
- 协商处理：如果合同中没有明确约定，且双方对是否需要收回正本合同存在争议，建议通过协商的方式达成一致意见。
- 保留证据：无论是否收回正本合同，双方都应当妥善保管与交易相关的所有证据，包括合同、结清证明、付款凭证等，以备未来可能出现的纠纷之需。
特殊场景考量：
- 在某些特殊交易中，如涉及大额资金、重要权益或长期合作关系的交易，双方可能更加注重合同的安全性和完整性。在这种情况下，即使合同中没有明确约定，双方也可能倾向于在结清证明开具时收回正本合同。
- 另外，如果合同中存在保密条款或竞业限制等特殊约定，收回正本合同可能有助于保护双方的商业秘密和合法权益。
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