结论：中介拿着您签字的租房合同是否违法，需根据具体情况判断，可能合法也可能违法。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
中介作为合同一方或代理人：
- 如果中介是租房合同的一方当事人（例如，中介作为房东的代理人与您签订合同，或中介自己作为房东与您签订合同），并且您在签订合同时明确知晓中介的身份和角色，那么中介持有您签字的合同是合法的。
- 在这种情况下，中介持有合同是履行其作为合同一方或代理人的职责，用于证明合同的存在和双方的权利义务。
您同意中介持有合同：
- 如果您在签订合同时明确同意中介可以持有合同副本或原件，那么中介持有合同也是合法的。
- 这种同意可以是口头的，但为了避免后续纠纷，建议以书面形式确认。
二、违法情形
中介未经您同意擅自持有合同：
- 如果中介在您不知情或未同意的情况下擅自持有您签字的合同，这可能构成对您个人信息的侵犯或不当使用。
- 在这种情况下，您有权要求中介返还合同，并可以视情况采取法律措施维护自己的权益。
中介利用合同进行非法活动：
- 如果中介持有您签字的合同是为了进行非法活动，如诈骗、伪造证据等，那么这种行为显然是违法的。
- 您一旦发现中介有此类行为，应立即向公安机关报案，并寻求法律帮助。
三、法律建议
核实中介身份和资质：
- 在与中介签订租房合同前，务必核实中介的身份和资质，确保其具备合法经营资格。
- 可以要求中介出示相关证件或营业执照，并查询其信誉和口碑。
明确合同条款和持有方式：
- 在签订合同时，应明确合同条款，包括双方的权利义务、租金支付方式、违约责任等。
- 同时，应明确合同的持有方式，如是否允许中介持有合同副本或原件，以及持有的期限和用途等。
保留合同副本和证据：
- 无论中介是否持有合同原件，您都应保留一份合同副本作为备份。
- 在签订合同过程中，还可以保留与中介的沟通记录、转账凭证等证据，以备不时之需。
及时寻求法律帮助：
- 如果您发现中介存在违法行为或侵犯您的权益，应及时寻求法律帮助。
- 可以向公安机关报案，或向法院提起诉讼，要求中介承担相应的法律责任。
如果您在房产租赁或合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。