若申请查处违法用地已进入诉讼程序，回复时需根据不同角色和场景来组织内容，以下是具体建议：

1. 若您是原告（申请查处方）：

   • 回复要点：明确告知对方诉讼已正式启动，并强调法律程序的严肃性。可提及已提交的关键证据（如违法用地事实、相关行政不作为证据等），以及诉讼请求（如要求确认违法、责令查处、赔偿损失等）。
   • 示例回复：“我方已就违法用地问题向法院提起诉讼，案件现已正式进入诉讼程序。我方已提交充分证据证明涉案土地存在违法使用情形，且相关部门未依法履行查处职责。我方诉讼请求为确认违法用地行为违法、责令相关部门立即履行查处职责，并赔偿因违法用地给我方造成的损失。请贵方重视法律程序，积极应诉。”

2. 若您是被告（被查处方或相关部门）：

   • 回复要点：确认收到诉讼通知，表明将积极应诉，并简要说明应诉准备（如收集反驳证据、准备法律意见等）。若认为原告主张不成立，可简要说明理由（如土地使用合法、已履行查处职责等）。
   • 示例回复：“我方已收到关于违法用地诉讼的相关通知，现正式确认案件已进入诉讼程序。我方将积极应诉，并已着手收集相关证据材料，准备法律意见书以维护我方合法权益。我方认为，涉案土地使用行为合法合规，且我方已依法履行了相关查处职责，原告主张缺乏事实和法律依据。”

3. 若您是第三方（如法院、律师或相关利益方）：

   • 回复要点：根据角色定位，客观陈述事实或提供法律建议。法院可告知双方诉讼程序安排；律师可为客户提供法律策略建议；相关利益方可表明关注态度并询问案件进展。
   • 示例回复（法院角度）：“本案关于申请查处违法用地的诉讼已正式受理，并已进入诉讼程序。本院将依法公正审理此案，并按照法定程序安排开庭、举证、质证等环节。请双方当事人积极配合法院工作，确保诉讼程序顺利进行。”
   • 示例回复（律师角度）：“作为您的代理律师，我已全面了解案件情况，并已制定详细的诉讼策略。现案件已进入诉讼程序，我将根据法庭安排，积极为您主张权益，包括提交证据、参与庭审辩论等。请您放心，我会全力以赴维护您的合法权益。”

在回复时，请务必根据实际情况调整内容，确保回复的准确性和针对性。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。