挪用公款90万三个月后才归还，五年后案发仍可能判刑。具体分析如下：

1. 构成犯罪的可能性：

   • 挪用公款数额较大（90万）且超过三个月未还，即使后来归还，也可能构成挪用公款罪。这是因为挪用公款罪不仅关注是否归还，还关注挪用行为的本身及其后果。

2. 量刑因素：

   • 若法院认定情节严重，可能会判处五年以上有期徒刑。
   • 若案发前全额归还本息，且情节相对轻微，可能从轻或免除处罚。
   • 若挪用的是特定款物（如救灾、抢险等款物）归个人使用，会从重处罚。

3. 案发时间的影响：

   • 案发时间距离挪用行为发生的时间（五年）本身不直接影响定罪，但可能影响量刑。法院会综合考虑挪用时间、归还时间以及案发时间等因素来判定。

4. 法律建议：

   • 如果你或你身边的人面临类似情况，建议尽快咨询专业律师，了解具体的法律风险和应对策略。
   • 在接受调查时，应如实陈述事实，配合调查，以争取更好的法律后果。

综上所述，挪用公款90万三个月后才归还，五年后案发仍可能面临刑事处罚。具体量刑需由法院根据案件的具体情况综合判定。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。