关于楼顶业主楼面高于公共天井的合法性认定部门，通常是由当地的城乡规划主管部门或城市管理部门（如城管执法局）来负责认定。以下从几个方面进行详细分析：

1. 规划合规性角度：

   • 楼顶业主的楼面高度若超出原建筑设计或规划许可的范围，即可能涉及违反城乡规划法规的问题。城乡规划主管部门负责审查和监督建筑物的规划合规性，包括建筑物的高度、布局等是否符合规划要求。因此，若楼顶业主的楼面高度引发争议，首先应由城乡规划主管部门进行认定，判断其是否违反了相关规划法规。

2. 建筑安全角度：

   • 楼面高度变化可能影响建筑物的整体结构安全。虽然建筑安全主要由住房和城乡建设部门负责监管，但在处理此类纠纷时，若涉及楼面高度是否影响安全的问题，住房和城乡建设部门也可能参与评估或提供专业意见。不过，就合法性认定而言，主要还是依据城乡规划法规，由城乡规划主管部门或相关城市管理部门进行。

3. 物业管理角度：

   • 物业管理公司通常负责小区的日常管理和维护，包括公共区域的维护和管理。然而，对于楼面高度这样的规划合规性问题，物业管理公司并不具备认定合法性的权力。他们可以发现问题并上报相关部门，但最终的合法性认定应由具有法定职权的部门进行。

4. 实际操作流程：

   • 在实际操作中，若楼顶业主的楼面高度引发争议，其他业主或物业管理公司可以先向当地的城乡规划主管部门或城市管理部门反映情况。这些部门会进行现场勘查、查阅相关规划资料，并根据法律法规进行认定。若认定存在违法行为，相关部门会依法进行处罚或要求整改。

建议：

• 若您作为业主发现楼顶业主的楼面高度存在问题，建议先与楼顶业主进行友好沟通，了解其改造的具体情况和原因。
• 若沟通无果，您可以向当地的城乡规划主管部门或城市管理部门反映情况，请求他们进行认定和处理。
• 在处理过程中，保留好相关证据，如照片、视频、规划图纸等，以便在需要时提供证明。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。