结论前置：公司辞退员工时，若补偿金超百万，其计算方式主要依据员工的工作年限、月工资水平以及辞退的具体情形。具体计算需结合《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，并考虑是否存在特殊保护情形或违法解除劳动合同的情况。
一、经济补偿金的基本计算原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。计算公式为：
\[经济补偿金 = 工作年限 \times 月工资（若工作年限中不满半年的部分，按0.5个月计算）\]
二、月工资标准的确定
月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。若劳动者工作不满十二个月，则按照实际工作的月数计算平均工资。特别需要注意的是：
- 若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。计算公式调整为：
\[经济补偿金 = \min(工作年限, 12) \times 当地上年度职工月平均工资 \times 3\]
三、特殊情形的处理
协商解除劳动合同：
- 用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同的，经济补偿的计算方法同上。
过失性辞退：
- 如果劳动者因严重违反用人单位的规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等原因被辞退，用人单位无需支付经济补偿金。
无过失性辞退：
- 如果劳动者因患病或非因工负伤医疗期满后不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作、不能胜任工作经过培训或调整工作岗位仍不能胜任工作等原因被辞退，用人单位需按照上述方法支付经济补偿金。
经济性裁员：
- 用人单位因经济性原因需要裁减人员时，也应按照上述方法支付经济补偿金。
违法解除劳动合同：
- 如果用人单位违反法律规定解除劳动合同，劳动者有权要求继续履行合同或选择解除合同并要求支付赔偿金。赔偿金的计算标准为经济补偿标准的二倍。计算公式为：
\[赔偿金 = 2 \times 经济补偿金\]
四、超百万补偿金的计算示例
假设某员工在公司工作了20年，其月工资为当地上年度职工月平均工资的5倍（且超过三倍标准），则其经济补偿金的计算需分两步：
确定经济补偿年限：
- 由于月工资超过三倍标准，经济补偿年限最高不超过12年。
计算经济补偿金：
- 经济补偿金 = 12年 × 当地上年度职工月平均工资 × 3。
- 若当地上年度职工月平均工资为5万元（仅为示例，实际数值需根据当地数据确定），则经济补偿金为：12 × 5万元 × 3 = 180万元（此数值已超过百万，仅为示例说明计算方法）。
五、注意事项
及时主张权利：
- 劳动者在被辞退后应及时与用人单位沟通并主张自己的权益，避免超过法律规定的时效期间。
保留证据：
- 劳动者应妥善保管好与用人单位签订的劳动合同、工资条、考勤记录等证据材料，以便在发生争议时能够证明自己的工作年限和工资水平。
寻求法律帮助：
- 如果劳动者对补偿金的计算或支付存在疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
综上所述，公司辞退员工时补偿金超百万的计算需综合考虑多种因素，包括工作年限、月工资水平以及辞退的具体情形等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。