员工工伤鉴定主要由设区的市级劳动能力鉴定委员会负责。以下是对这一问题的详细解析：

一、工伤鉴定的主要责任主体

1. 设区的市级劳动能力鉴定委员会

   • 职责：这是负责具体工伤鉴定工作的主要机构。它负责受理本行政区域内的工伤职工劳动能力鉴定申请，组织医学专家进行鉴定，并作出鉴定结论。
   • 工作流程：在收到工伤职工的劳动能力鉴定申请后，该委员会会从建立的医疗卫生专家库中随机抽取专家组成专家组，由专家组提出鉴定意见。然后，根据专家组的鉴定意见，作出工伤职工劳动能力鉴定结论，并出具劳动能力鉴定书。

2. 省级劳动能力鉴定委员会

   • 职责：虽然省级劳动能力鉴定委员会不是初次鉴定的主要机构，但它提供对设区的市级劳动能力鉴定委员会鉴定结论的再次鉴定服务。如果工伤职工或其近亲属、用人单位对设区的市级劳动能力鉴定委员会的鉴定结论不服，可以在收到鉴定结论之日起15日内向省级劳动能力鉴定委员会提出再次鉴定申请。
   • 最终性：省级劳动能力鉴定委员会作出的劳动能力鉴定结论为最终结论，具有法律效力。

二、工伤鉴定的申请流程与所需资料

1. 申请流程

   • 提出申请：职工发生工伤后，经治疗伤情相对稳定或停工留薪期满（含劳动能力鉴定委员会确认的延长期限），存在残疾、影响劳动能力的，应向用人单位所在地设区的市级劳动能力鉴定委员会提出劳动能力鉴定申请。
   • 组织鉴定：劳动能力鉴定委员会收到申请后，会组织医学专家进行鉴定。
   • 作出结论：根据专家组的鉴定意见，劳动能力鉴定委员会作出工伤职工劳动能力鉴定结论。

2. 所需资料

   • 工伤认定决定书：这是证明职工工伤身份的重要文件。
   • 有效的诊断证明：包括医院的诊断书、病历等，用于证明职工的伤情和残疾程度。
   • 其他相关证明材料：如职工的身份证明、用人单位的营业执照等，用于辅助鉴定工作。

三、工伤鉴定的费用承担

• 已缴纳工伤保险：如果用人单位依法为员工缴纳了工伤保险费，那么工伤鉴定的相关费用主要由工伤保险基金承担。
• 未缴纳工伤保险：如果用人单位未为员工缴纳工伤保险费，那么所有与工伤鉴定相关的费用由用人单位自行承担。

四、特殊情况处理

• 再次鉴定：如果对设区的市级劳动能力鉴定委员会的鉴定结论不服，可以在收到鉴定结论之日起15日内向省级劳动能力鉴定委员会提出再次鉴定申请。再次鉴定的费用承担原则与初次鉴定相同。
• 复查鉴定：自劳动能力鉴定结论作出之日起1年后，工伤职工或其近亲属、所在单位或经办机构认为伤残情况发生变化的，可以申请劳动能力复查鉴定。复查鉴定的费用承担原则也与初次鉴定相同。

五、法律建议

• 及时申请：工伤职工或其近亲属、用人单位应及时向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出劳动能力鉴定申请，以便尽快获得鉴定结论和相应的赔偿。
• 准备充分：在申请工伤鉴定时，应准备充分的资料，包括工伤认定决定书、有效的诊断证明等，以确保鉴定工作的顺利进行。
• 了解权益：工伤职工应充分了解自己的权益和义务，积极参与鉴定过程，以维护自身合法权益。

综上所述，员工工伤鉴定主要由设区的市级劳动能力鉴定委员会负责。在处理工伤鉴定问题时，应了解相关流程和费用承担原则，并准备充分的资料以维护自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。