有限责任公司（自然人投资）明确属于私营企业性质。以下是对这一结论的详细解释和拓展分析：

一、法律依据与定义

根据国家统计局、国家工商行政管理局《关于划分企业登记注册类型的规定》第九条，私营企业是指由自然人投资设立或由自然人控股，并以雇佣劳动为基础的营利性经济组织。这包括按照相关法律法规登记注册的私营有限责任公司、私营股份有限公司等。有限责任公司（自然人投资）正是符合这一定义的企业类型，因为其投资主体是自然人，且这些自然人对公司拥有实际的控制权或影响力。

二、有限责任公司（自然人投资）的特征

1. 投资主体：由两个以上、五十个以下的自然人股东共同出资设立。这些自然人股东可以是具有完全民事行为能力的中国公民，也可以是符合法律规定的境外自然人（但需注意，若涉及外资成分，则可能需按照外资企业的相关规定进行登记和管理）。

2. 责任承担：每个股东以其所认缴的出资额为限对公司承担有限责任。这意味着，如果公司出现债务问题，股东只需承担其出资额范围内的责任，而无需承担无限责任。同时，公司法人则以其全部资产对公司债务承担全部责任。

3. 权利分配：自然人股东按照投入公司的资本的多少来享有资产收益、参与重大决策以及选择管理者等权利。这种权利分配方式体现了“资本多数决”的原则，即股东的权利与其出资额成正比。

三、与其他企业性质的对比分析

1. 与国有企业的区别：国有企业的全部资产归国家所有，并按相关法规登记注册。其投资主体是国家或政府，而非自然人。因此，有限责任公司（自然人投资）与国有企业在投资主体、责任承担和权利分配等方面存在本质区别。

2. 与外资企业的区别：外资企业是依照中国法律在中国境内设立的，其全部资本由外国投资者投资。而有限责任公司（自然人投资）的投资主体是中国自然人，并非外国投资者。因此，两者在投资主体和法律适用等方面也存在显著差异。

四、法律建议与风险提示

对于有限责任公司（自然人投资）的股东而言，了解并遵守相关法律法规是至关重要的。这包括但不限于公司法、税法、劳动法等。同时，股东还应关注公司的经营状况和财务状况，及时行使股东权利并履行股东义务。若股东之间或股东与公司之间发生纠纷，应及时寻求法律途径解决，以维护自身合法权益。

如果您在有限责任公司（自然人投资）的设立、运营或管理过程中遇到任何法律问题或困惑，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。