购买大产权二层自建房是否合法，需分情况讨论，主要取决于房屋所占土地的性质以及是否符合相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

一、土地性质与房屋合法性

1. 国有土地上的自建房：

   • 如果二层自建房是建在国有土地上，且已经取得了相应的国有土地使用权证和规划许可证，那么该房屋的购买在法律上是合法的。国有土地上的房屋买卖，主要遵循《中华人民共和国城市房地产管理法》等相关法律法规。

2. 集体土地上的自建房（宅基地）：

   • 如果二层自建房是建在集体土地上，即宅基地上，那么情况就复杂一些。根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，宅基地属于农民集体所有，农民对宅基地仅享有使用权，而非所有权。宅基地使用权不能单独买卖，但可在本集体经济组织内部成员之间流转，且必须遵循“地随房走”的原则，即宅基地使用权随房屋一并转移。同时，流转必须经过本集体经济组织同意，并办理相关宅基地使用权变更登记手续。
   • 若购买者非本集体经济组织成员：购买此类房屋可能面临法律风险，因为这样的交易可能违反了土地管理法规，导致合同无效，甚至可能面临行政处罚或刑事责任。
   • 若购买者是本集体经济组织成员：在符合相关法律法规和集体经济组织规定的情况下，购买此类房屋可能是合法的。但同样需要办理相关的变更登记手续，以确保权益的合法性。

二、房屋规划与建设合规性

• 除了土地性质外，房屋的规划和建设是否合规也是影响购买合法性的重要因素。如果二层自建房在建设过程中违反了城乡规划、建设许可等相关法律法规，那么该房屋可能属于违法建筑，购买此类房屋同样可能面临法律风险。

三、法律建议

1. 核实土地性质与房屋权属：

   • 在购买大产权二层自建房前，务必核实房屋所占土地的性质（国有或集体）以及房屋的权属情况（是否有合法的土地使用权证和规划许可证）。

2. 了解当地政策与规定：

   • 不同地区对于宅基地流转、自建房买卖等可能有不同的政策和规定。因此，在购买前，建议咨询当地政府部门或了解相关政策，以确保交易的合法性。

3. 办理相关手续：

   • 如果购买的是合法合规的房屋，务必按照相关法律法规和政策要求，办理房屋买卖合同签订、产权过户、宅基地使用权变更登记等手续，以确保权益的合法性和有效性。

总结来说，购买大产权二层自建房的合法性取决于多个因素，包括土地性质、房屋权属、规划与建设合规性以及当地政策与规定等。在购买前，务必进行充分的调查和了解，并咨询专业人士的意见，以确保交易的合法性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。