申请房屋登记时提供虚假合同，一般会被认定为违法行为，可能涉及合同欺诈及行政违法，情节严重还可能构成刑事犯罪。具体认定及法律后果如下：

1. 合同欺诈的认定
   根据《民法典》第一百四十八条，若申请人通过虚构事实（如伪造交易价格、虚构交易主体）或隐瞒真相（如隐瞒房屋真实权属状态）的方式签订虚假合同，并以此申请房屋登记，可被认定为以欺诈手段实施民事法律行为。受损害方有权请求法院或仲裁机构撤销该登记行为，且申请人需承担缔约过失责任，赔偿对方因此遭受的损失（如交易机会丧失、差价损失等）。

2. 行政违法的认定
   依据《不动产登记暂行条例》第十六条及第三十一条，申请人需对申请材料的真实性负责。若提交虚假合同，不动产登记机构可依据《条例》第三十一条采取以下措施：

   • 书面警告并责令限期改正；
     
   • 对个人处1000元以下罚款，对单位处1000元至1万元罚款；
     
   • 情节严重的，登记机构可不予登记，并通报相关部门联合惩戒（如纳入信用黑名单）。
     示例：申请人伪造购房合同申请过户，登记机构查实后不仅会驳回申请，还可能对其罚款并影响其后续信用记录。

3. 刑事犯罪的认定
   若虚假合同涉及金额较大或情节恶劣，可能触犯《刑法》相关条款：

   • 诈骗罪（《刑法》第二百六十六条）：以非法占有为目的，通过虚假合同骗取他人财物（如骗取贷款、拆迁补偿等），数额较大的（通常3000元至1万元以上），可处三年以下有期徒刑、拘役或管制；数额巨大或有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑。
     
   • 伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪（《刑法》第二百八十条第二款）：若虚假合同涉及伪造相关单位印章，可处三年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利，并处罚金。
     示例：为骗取银行贷款伪造购房合同及开发商公章，可能同时构成诈骗罪和伪造印章罪，数罪并罚。

实务建议：

• 对申请人而言，务必确保合同及登记材料的真实性，避免因小失大；
  
• 对利害关系人（如真实业主、债权人）而言，若发现他人通过虚假合同申请登记，可依据《民法典》第二百二十条向登记机构申请更正登记，或直接向法院提起行政诉讼要求撤销登记；
  
• 若涉及刑事犯罪，利害关系人可向公安机关报案，由公安机关立案侦查。
  

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。