结论：分公司能否直接合并到总公司新设分离后的新公司，需视具体情况而定，主要取决于分公司的法律地位、新设公司的性质以及合并的具体操作方式。以下从不同角度进行分析：
一、分公司法律地位与合并可能性
分公司非独立法人：分公司作为总公司的分支机构，通常不具备独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，在总公司新设分离后，若分公司仍属于原总公司（或新设公司中的某一主体）的分支机构，且法律上未禁止此类合并操作，理论上分公司可以“合并”或更准确地说是“整合”到新公司中。但这里的“合并”并非严格意义上的公司合并（如吸收合并或新设合并），而是指资产、业务、人员等的整合。
分公司独立核算与合并难度：若分公司实行独立核算，拥有相对独立的资产、负债和业务，那么将其整合到新公司中可能需要更复杂的财务和法律处理，包括但不限于资产评估、债权债务转移、员工安置等。这种情况下，虽然法律上可能允许，但实际操作中需谨慎处理，以确保合规性和避免潜在的法律风险。
二、新设公司性质与合并方式
新设公司为独立法人：若总公司新设分离后形成的新公司是独立法人，且希望将分公司整合到其中，通常需要通过资产转让、业务转移或股权收购等方式实现。这些方式在法律上更为明确，也更容易得到监管机构的认可。但需要注意的是，这些操作可能涉及税务、工商变更登记等多个环节，需按照相关法律法规进行。
新设公司为非独立法人或特殊目的实体：若新设公司并非独立法人（如仅为总公司的一个部门或项目组），或属于特殊目的实体（如为特定项目而设立的临时机构），那么将分公司整合到其中可能更为灵活，但同样需考虑法律合规性和实际操作中的可行性。
三、实际操作建议
法律合规性审查：在进行任何合并或整合操作前，务必进行全面的法律合规性审查，包括但不限于公司法、税法、劳动法等相关法律法规的适用性和合规性。
资产评估与债权债务处理：若涉及资产转让或业务转移，需进行资产评估以确定转让价格，并妥善处理债权债务关系，以避免潜在的法律纠纷。
员工安置与劳动合同变更：合并或整合过程中需关注员工安置问题，确保员工权益得到保障。同时，根据实际情况可能需要变更或重新签订劳动合同。
监管机构沟通与审批：根据具体情况，可能需要与相关监管机构（如工商局、税务局等）进行沟通并获取必要的审批或许可。
总结与进一步建议：分公司能否直接合并到总公司新设分离后的新公司中，需综合考虑分公司的法律地位、新设公司的性质以及合并的具体操作方式。在实际操作中，建议寻求专业法律人士的协助，以确保合规性和避免潜在的法律风险。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。