在缺斤少两超过500元不到1000元的情况下，赔偿金额的确定需依据具体情境和法律规定来综合判断，无法直接给出一个固定的赔偿数额，但可以明确的是，赔偿金额至少会包括消费者实际损失的部分，并可能包含惩罚性赔偿。以下从不同角度进行分析：
一、消费者实际损失的赔偿
直接损失：
- 消费者因缺斤少两而直接支付的额外费用，即因商家未提供足量商品而多支付的价款，应当得到赔偿。例如，若商品单价为每斤10元，消费者购买了10斤，但实际只得到了8斤，那么商家应赔偿消费者2斤的价款，即20元（此处仅为示例，实际赔偿需根据具体购买数量和单价计算）。然而，在您描述的情境中，缺斤少两导致的直接损失可能已经包含在消费者已支付的价款中，且因总额超过500元，我们更关注的是整体赔偿框架，而非单一斤两的赔偿。
间接损失：
- 如果因缺斤少两导致消费者产生了其他间接损失，如因商品不足而无法正常使用或需额外购买替代商品的费用，这些损失也应当得到赔偿。不过，在大多数日常消费场景中，此类间接损失可能较为有限。
二、惩罚性赔偿的考虑
法律依据：
- 根据《中华人民共和国消费者权益保护法》第五十五条的规定，经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或者接受服务的费用的三倍；增加赔偿的金额不足五百元的，为五百元。法律另有规定的，依照其规定。
应用分析：
- 在您描述的情境中，如果商家的缺斤少两行为被认定为欺诈行为（如故意短斤缺两以获取不当利益），那么消费者有权要求商家进行惩罚性赔偿。赔偿金额将为消费者购买商品价款的三倍，且如果这一金额不足500元，则按500元赔偿。然而，由于您提到的缺斤少两金额已经超过500元但不到1000元，因此实际赔偿金额将根据购买商品的总价款来计算，可能是该价款的三倍（如果三倍后仍超过实际损失且符合法律规定的上限）。但需注意，这里的“三倍”赔偿是一个上限性的规定，具体赔偿金额还需根据案件具体情况和法院的裁判来确定。
特殊情况：
- 如果商家的行为不构成欺诈，而是因过失或管理不善导致的缺斤少两，那么消费者可能无法要求惩罚性赔偿，但仍有权要求商家赔偿其实际损失。
三、赔偿金额的确定
综合判断：赔偿金额的确定需综合考虑消费者的实际损失、商家的过错程度、是否存在欺诈行为以及相关法律法规的规定。在缺斤少两超过500元不到1000元的情况下，赔偿金额至少会包括消费者因缺斤少两而直接支付的额外费用（即实际损失部分），并可能因商家的欺诈行为而包含惩罚性赔偿。
计算公式（示例）：若商家行为构成欺诈，且消费者购买商品的总价款为X元（X在500元至1000元之间），则赔偿金额可能为3X元（但需注意法律规定的上限和实际情况的调整）。若不构成欺诈，则赔偿金额主要为消费者的实际损失部分。
建议您：在遇到此类情况时，首先与商家协商解决；若协商无果，可向当地消费者协会或市场监管部门投诉；必要时，可依法向人民法院提起诉讼以维护自己的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。