社保缴费基数差额补缴的诉讼时效问题，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若主张社保缴费基数差额补缴属于劳动争议范畴
   根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。例如，若员工发现单位未按实际工资申报社保基数，导致其社保权益受损，应在发现之日起一年内申请劳动仲裁，主张补缴差额。
   例外情形：若劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬（如社保缴费基数差额导致工资扣减）发生争议，仲裁时效不受一年限制，但需在劳动关系终止后一年内提出。

2. 若主张社保缴费基数差额补缴属于社会保险费征收范畴
   根据《中华人民共和国社会保险法》第六十三条，用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险征收机构责令其限期缴纳或补足。此时，行政追缴无时效限制，社会保险征收机构可随时要求用人单位补缴，不受两年或五年时效的约束。
   实务提示：若员工通过行政投诉（如向社保局举报）要求补缴，社保部门可追溯至单位首次欠缴之日起的欠缴时段，但需以社保系统记录或员工举证的实际工资为依据。

3. 诉讼时效与行政追缴的衔接问题
   若员工先申请劳动仲裁主张社保差额补缴，仲裁委可能以“不属于劳动争议受案范围”为由不予受理（因社保补缴属行政职权），此时员工应转而向社保部门投诉。若员工直接起诉单位要求补缴社保，法院通常不会直接处理，而是引导其通过行政途径解决。
   关键点：社保缴费基数差额补缴的“诉讼时效”需区分“仲裁时效”与“行政追缴时效”，前者适用于劳动争议，后者适用于行政征收。

总结建议：

• 若您与单位就社保基数差额产生争议，建议优先向当地社保局投诉，由社保部门核查并责令补缴（无时效限制）；
  
• 若同时涉及工资扣减等劳动报酬问题，可在劳动关系终止后一年内申请劳动仲裁，主张相关权益；
  
• 具体操作需结合您的劳动关系状态、欠缴时长及证据情况，如有疑问可进一步向我咨询。