结论：在甲方已盖章，乙方盖章时甲方法人发生变更的情况下，合同效力及后续处理需分情况讨论，主要取决于法人变更是否影响合同权利义务的承担以及双方是否达成新的合意。

1. 法人变更不影响合同效力的情况

• 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，法人的变更，包括名称、住所、法定代表人等的变更，并不影响其民事权利和义务的承担。因此，如果甲方法人变更并未导致其民事主体资格的丧失或合同权利义务的实质性变更，那么原合同仍然有效。
• 具体分析：在此情况下，乙方可以继续按照原合同的内容进行盖章确认，合同自双方盖章之日起生效。甲方法人的变更不影响合同的履行，双方应继续按照合同约定履行各自的义务。
• 建议：乙方在盖章前，可以要求甲方提供最新的法人身份证明文件，以确保盖章的合法性和有效性。同时，双方可以在合同中或通过补充协议明确法人变更后的权利义务承担方式，以避免后续纠纷。

2. 法人变更影响合同效力或需重新协商的情况

• 法律背景：如果甲方法人变更导致合同权利义务的实质性变更，或者双方因法人变更而需要重新协商合同条款，那么原合同可能无法直接生效或需要双方重新达成合意。
• 具体分析：
  • 实质性变更：例如，原合同中约定的甲方代表人因法人变更而不再具有代表权，或者合同中的某些条款因法人变更而无法履行。在此情况下，双方需要重新协商合同条款，以达成新的合意。
  • 重新协商：即使法人变更并未导致合同权利义务的实质性变更，但双方可能因法人变更而希望对合同条款进行修改或补充。在此情况下，双方可以通过协商达成新的补充协议，以明确各自的权利义务。
• 建议：
  • 实质性变更：如果发生实质性变更，乙方应暂停盖章，并与甲方进行协商，以确定是否需要重新签订合同或签订补充协议。在协商过程中，乙方应确保自己的权益不受损害，并要求甲方提供充分的证明文件以证明其变更后的合法性和有效性。
  • 重新协商：如果双方希望对合同条款进行修改或补充，乙方应积极参与协商过程，并提出自己的合理诉求。在协商达成一致后，双方应签订补充协议，并明确补充协议与原合同的效力关系。

3. 注意事项

• 合同审查：在盖章前，乙方应仔细审查合同内容，确保合同条款的合法性和有效性。如果发现合同中存在不明确或可能引发纠纷的条款，应及时与甲方进行沟通并修改。
• 证据保留：在合同签订和履行过程中，乙方应保留好相关证据，如合同文本、沟通记录、付款凭证等。这些证据在后续可能发生的纠纷中将起到至关重要的作用。
• 法律咨询：如果乙方对合同效力或后续处理存在疑问或担忧，可以及时向我咨询。我将根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。

总之，在甲方已盖章而乙方盖章时甲方法人发生变更的情况下，合同效力及后续处理需根据具体情况进行判断。乙方应谨慎处理，确保自己的权益不受损害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。