协议签字没有盖公章，只盖了手印，在一般情况下是有效的。以下是对这一问题的详细分析：

法律依据

根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这一法律条款明确指出了签名、盖章和按指印三种方式在法律上具有同等的效力，都是合同成立的有效方式。因此，在协议上按手印与盖章、签名具有同等的法律效力。

协议有效的条件

除了签字或按手印外，协议的有效性还取决于其他几个关键因素：

1. 双方当事人的民事行为能力：协议双方必须具备相应的民事行为能力，即能够完全理解自己的行为并承担相应的法律责任。
2. 协议内容的真实性与合法性：协议内容必须是双方真实意思的表示，不能存在欺诈、胁迫等情形，且不能违反法律、行政法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。
3. 不存在特殊法律规定或当事人特别约定：某些特定类型的合同可能明确要求必须加盖公章才具备法律效力，或者合同中明确约定了“本合同自双方加盖公章之日起生效”。在这种情况下，仅按手印可能不足以使合同生效。但这种情况较为特殊，并非普遍适用。

实际操作建议

1. 优先选择明确的确认方式：尽管按手印在法律上具有效力，但为了确保协议的合法性和有效性，建议在签订协议时优先选择使用公章或其他具有明确法律地位的确认方式。这有助于减少后续可能出现的纠纷和争议。
2. 仔细阅读并理解协议条款：在签订协议前，应仔细阅读并理解协议中的全部条款，特别是关于生效条件的约定。如果协议中明确要求必须加盖公章，那么仅按手印可能无法满足生效条件。
3. 妥善保管协议原件：协议原件是证明双方权利义务关系的重要证据，应妥善保管。在协议执行过程中，如有任何疑问或争议，应及时寻求法律帮助，以便得到准确的解答和帮助。

实例说明

以甲和乙签订的一份买卖合同为例，双方在合同上签字并按了手印，但没有加盖公章。只要这份合同是双方自愿协商达成的，买卖行为不违反法律法规，且双方都具有相应的民事行为能力，那么这份合同就是有效的，对甲和乙都具有法律约束力。这进一步印证了按手印在法律上的有效性以及公章并非合同成立的必要条件。

综上所述，协议签字没有盖公章，只盖了手印，在一般情况下是有效的。但为了确保协议的合法性和有效性，建议按照法律规定的形式和要求来签订和保管协议，并在必要时向我咨询以获取专业的法律帮助。