结论：发包人委托第三方管理时，三方代建公司与施工单位之间是否存在支付工程款的关联，主要取决于代建合同的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 代建合同约定

• 代建合同明确约定支付责任：如果发包人与代建公司签订的代建合同中明确约定，代建公司负责支付工程款给施工单位，那么代建公司就与施工单位之间形成了直接的支付工程款关联。此时，代建公司需按照合同约定履行支付义务，若未按时支付，施工单位有权依据合同向代建公司追讨工程款。
• 代建合同未明确约定支付责任：如果代建合同中并未明确约定代建公司需支付工程款给施工单位，而是约定由发包人直接支付，或者代建公司仅负责工程管理、监督等职责，那么代建公司与施工单位之间就不存在直接的支付工程款关联。此时，施工单位应向发包人追讨工程款。

2. 相关法律法规规定

• 《中华人民共和国民法典》相关规定：根据《民法典》中关于委托合同的规定，如果发包人委托代建公司进行工程管理，但并未明确约定代建公司需承担支付工程款的责任，那么代建公司的行为后果原则上应由发包人承担。这意味着，在法律上，除非有特别约定，否则代建公司不直接对施工单位承担支付工程款的责任。
• 建设工程领域特别规定：在建设工程领域，还可能存在一些特别规定或行业惯例，这些也可能影响代建公司与施工单位之间的支付关系。例如，某些地区或行业可能要求代建公司在特定情况下需承担一定的支付责任或担保责任。

3. 实际操作中的考量

• 代建公司的角色与定位：在实际操作中，代建公司的角色和定位可能因项目而异。有些代建公司可能更侧重于工程管理，而有些则可能更深入地参与到项目的资金运作中。因此，在判断代建公司与施工单位之间是否存在支付工程款关联时，需充分考虑代建公司的实际角色和定位。
• 合同履行过程中的变更与补充：在合同履行过程中，双方可能因各种原因对原合同进行变更或补充。这些变更或补充可能涉及支付责任的调整。因此，在判断支付关系时，还需考虑合同履行过程中的这些动态变化。

建议：

• 仔细审查代建合同：对于施工单位而言，在签订施工合同前，应仔细审查发包人与代建公司签订的代建合同，明确代建公司在支付工程款方面的责任和义务。
• 加强沟通与协调：在项目实施过程中，施工单位应与发包人和代建公司保持密切沟通，及时了解支付进度和可能存在的问题，以便及时采取措施维护自身权益。
• 寻求法律援助：如果因支付问题产生纠纷，施工单位应及时寻求法律援助，通过法律途径解决争议。

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