民办学校双方签约的协议是否属于无效合同，这并非一个绝对的问题，而是需要依据具体情况来判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、合同无效的一般情形
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同无效的情形主要包括以下几种：
无民事行为能力人实施的民事法律行为无效：如果签约的一方或双方是无民事行为能力人（如未成年人、精神病人等），且未经其法定代理人代理或同意，则其签订的合同无效。
行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效：如果双方签订合同的目的并非真实意图，而是为了掩盖其他非法目的，如逃避税收、洗钱等，则该合同无效。
违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效：如果合同内容违反了法律、行政法规的强制性规定，如违反教育法规关于民办学校设立、运营的规定，则该合同可能无效。但需注意，并非所有违反法律、行政法规的合同都无效，只有违反强制性规定的合同才可能无效。
违背公序良俗的民事法律行为无效：如果合同内容违背了社会公共利益或道德准则，如涉及色情、赌博等违法活动，则该合同无效。
行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效：如果双方签订合同是为了损害第三方的合法权益，如通过虚假合同转移财产以逃避债务，则该合同无效。
二、民办学校签约协议的特殊考量
在民办学校双方签约的协议中，除了上述一般情形外，还需要特别考虑以下几点：
合同主体的合法性：签约双方是否具备签订合同的主体资格，如是否具备相应的民事行为能力、是否具备从事教育活动的资质等。如果一方或双方不具备合法主体资格，则合同可能无效。
合同内容的合法性：合同内容是否违反了教育法规、民办教育促进法等相关法律法规的规定。例如，如果合同中约定了违反教育公平原则的内容，如歧视性招生条款，则该条款可能无效。
合同目的的正当性：双方签订合同的目的是否正当，是否为了促进教育事业的健康发展。如果合同目的非法或不当，如为了谋取私利而损害学生利益，则该合同可能无效。
三、实际案例与判断
在实际操作中，判断民办学校双方签约的协议是否无效，需要结合具体案例进行分析。例如，如果双方签订的合同中存在上述无效情形之一或多项，且这些情形对合同效力产生了实质性影响，则该合同可能被认定为无效。反之，如果合同内容合法、目的正当、主体合格，且不存在其他无效情形，则该合同通常有效。
建议：如果您对民办学校双方签约的协议是否无效存在疑问，建议您直接向我咨询，并提供具体的合同内容、签约背景等信息，以便我能够更准确地为您分析判断。同时，也请您在签订任何合同前，务必仔细阅读合同条款，确保合同内容合法、目的正当，并咨询专业律师的意见，以避免不必要的法律风险。