离职时，公司通常应当一次性付清工资，但具体情形需结合实际情况和双方约定来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定需一次性结清的情形
根据《工资支付暂行规定》第九条：“劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。”这一规定明确了用人单位在员工离职时有义务一次性结清工资，以保障劳动者的合法权益。无论是员工主动辞职还是被动离职，只要劳动关系依法解除或终止，用人单位都应当遵循这一原则。
二、特殊情况或约定情形的处理
尽管法律有明确规定，但在实际操作中，也可能存在一些特殊情况或用人单位与劳动者之间的特别约定：
特殊情况：如企业遭遇不可抗力因素（如自然灾害、政府行为等）、资金周转困难等，确实无法立即一次性结清工资时，用人单位应与劳动者进行协商，确定一个合理的支付期限，并明确告知劳动者延迟支付的原因和预计支付时间。但这种情况必须严格按照法律规定的程序操作，且仅为一种特殊的例外情形。
约定情形：如果用人单位与劳动者在劳动合同或规章制度中明确约定了工资结算的方式和时间，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方可以按照约定执行。然而，即使有这样的约定，也不能违背在合理期限内支付工资的原则。如果约定的支付时间过长，严重损害了劳动者的合法权益，这种约定可能会被认定为无效。
三、劳动者权益保障
如果用人单位未按规定一次性结清工资，劳动者可以通过以下合法途径维护自身权益：
与用人单位协商：首先尝试通过沟通解决问题，要求用人单位按照法律规定或约定一次性结清工资。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并督促用人单位支付工资。
申请劳动仲裁：如问题仍未解决，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位支付工资及相应的经济补偿。
四、实际案例与建议
在实际操作中，大多数用人单位都会遵循法律规定，在员工离职时一次性结清工资。但为了确保自身权益，劳动者在离职时应与用人单位明确工资结算的方式和时间，并保留好相关证据（如劳动合同、工资条、离职证明等）。如果用人单位未按照法律规定或约定一次性结清工资，劳动者应及时采取上述合法途径维护自身权益。
总结来说，离职时公司是否应一次性付清工资，主要遵循相关法律法规的规定。在特殊情况下，双方可协商确定支付时间和方式，但必须确保劳动者的合法权益不受侵害。如果您在离职过程中遇到工资结算问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。