仲裁按合同金额赔付是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、合同有明确约定且不违反法律强制性规定

如果双方在合同中明确约定了仲裁时按合同金额进行赔付，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么这种约定是有效的。在这种情况下，仲裁机构或仲裁员在裁决时，会依据合同中的这一约定来确定赔付金额。

举例：甲乙双方签订了一份买卖合同，合同中约定：“如因一方违约导致合同解除，违约方需按合同总金额的20%向守约方支付违约金，且双方同意通过仲裁方式解决争议。”若甲违约，乙申请仲裁，仲裁机构在查明事实后，会依据合同中的这一约定，裁决甲按合同总金额的20%向乙支付违约金。

二、合同无明确约定或约定不明确

如果合同中没有明确约定仲裁时按合同金额赔付，或者约定不明确，那么仲裁机构或仲裁员在裁决时，会依据相关法律法规和案件实际情况来确定赔付金额。这通常涉及到对违约损失的计算、赔偿范围的确定等问题。

法律依据：根据《中华人民共和国仲裁法》及相关法律法规的规定，仲裁机构或仲裁员在裁决时，应当遵循公平、公正、合理的原则，根据事实和法律，独立、公正地作出裁决。在合同没有明确约定赔付金额的情况下，仲裁机构或仲裁员会依据相关法律法规和案件实际情况，综合考虑多种因素，如违约方的过错程度、守约方的实际损失、合同履行情况等，来确定赔付金额。

三、合同约定可能因违法而无效

如果合同中关于按合同金额赔付的约定违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么这种约定是无效的。在这种情况下，仲裁机构或仲裁员在裁决时，不会依据该无效约定来确定赔付金额，而是会依据相关法律法规和案件实际情况来确定。

举例：甲乙双方签订了一份合同，合同中约定：“如因一方违约导致合同解除，违约方需向守约方支付合同总金额三倍的违约金。”若该约定明显过高，且违约方在仲裁时提出抗辩，仲裁机构或仲裁员可能会依据《中华人民共和国民法典》中关于违约金过高的调整规定，对违约金金额进行调整。

法律建议

1. 在签订合同时，双方应明确约定仲裁时的赔付方式和金额，并确保该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗。
2. 在发生争议时，双方应首先尝试通过协商解决争议。如果协商不成，可以依据合同中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议，向约定的仲裁机构申请仲裁。
3. 在仲裁过程中，双方应积极配合仲裁机构或仲裁员的工作，提供必要的证据和材料，以便仲裁机构或仲裁员能够全面、客观地了解案件情况，并作出公正、合理的裁决。

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