法院判决此类案件的核心依据主要围绕土地权属来源的合法性、登记程序的合规性以及是否存在侵权或错误登记的情形展开。具体来说，法院会从以下几个角度进行审查并作出判决：
权属来源的合法性审查
法院会首先审查两份土地证的权属来源是否合法。若后办的土地证所依据的权属来源（如出让合同、划拨决定书、继承文件等）存在虚假、伪造或违反法律强制性规定（如未履行法定审批程序、超越审批权限等），则该权属来源将被认定为无效，后办的土地证可能因基础不合法而被撤销或确认无效。
例如：若后办证者通过伪造继承公证书或冒用他人身份信息申请登记，法院会直接否定其权属来源的合法性。
登记程序的合规性审查
即使权属来源合法，法院还会审查土地登记程序是否符合《土地管理法》《不动产登记暂行条例》等规定。若后办证过程中存在未公告、未实地勘查、未通知利害关系人（如原土地证持有人）等程序瑕疵，或登记机构未尽到合理审查义务（如未核对原件、未核查权属争议），法院可能以“程序违法”为由撤销后办的土地证。
例如：若登记机构在未通知原土地证持有人的情况下直接为他人办理了变更登记，法院会认定程序违法。
是否存在“一地多证”的禁止性情形
根据《土地管理法》及《不动产登记暂行条例》，同一宗土地只能办理一个土地证。若法院查明两份土地证指向同一宗土地（如四至范围、面积、坐标完全重叠），且无合法分割或合并登记的情形，则会认定后办的土地证因违反“一物一权”原则而无效。
例如：若原土地证已明确登记了整块土地的权属，后办证者通过篡改图纸或虚构分割事实再次申请登记，法院会直接撤销后证。
是否存在侵权或恶意登记
若后办证者通过欺诈、胁迫、恶意串通等手段侵害原土地证持有人的合法权益（如伪造签字、冒名申请、与登记人员勾结等），法院会依据《民法典》第154条（恶意串通损害他人权益的民事法律行为无效）或第148条（欺诈实施的民事法律行为可撤销）等规定，判决撤销后办的土地证，并可能追究相关责任人的侵权责任。
例如：若后办证者与登记人员勾结，在原土地证持有人不知情的情况下完成登记，法院会认定存在恶意登记并撤销后证。
历史遗留问题的特殊处理
若案件涉及历史遗留问题（如早期土地登记制度不完善、权属凭证缺失等），法院可能结合《确定土地所有权和使用权的若干规定》等规范性文件，综合考量土地的实际使用情况、历史沿革、政策背景等因素，作出更灵活的判决。但此类情形仍需以“不损害国家、集体或他人合法权益”为前提。
例如：若原土地证因历史原因未及时换发新证，但实际使用人持续使用土地且无争议，法院可能优先保护实际使用人的权益。
总结建议：若您遇到此类问题，需重点收集以下证据：
法院会根据上述证据和法律规定，综合判断后办土地证的合法性，并作出撤销、确认无效或维持登记的判决。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。