违规发放加班费造成国有资产损失的，需根据具体情节追究相关责任人的法律责任，并采取补救措施挽回损失。以下从责任追究、损失挽回、预防措施三个角度展开说明：
一、责任追究
行政责任
若违规发放加班费的行为属于违反企业内部财务管理制度或国家关于国有企业薪酬管理的规定（如《国有企业领导人员廉洁从业若干规定》《企业财务通则》等），相关责任人（如直接经办人、审批人、分管领导）可能面临警告、记过、降级、撤职等行政处分，具体依据《国有企业管理人员处分条例》或企业内部纪律处分规定处理。
民事赔偿责任
若违规发放行为导致国有资产实际损失（如多发的加班费无法追回），根据《民法典》第1165条，责任人需承担民事赔偿责任，赔偿范围以实际损失为限。若涉及多人共同过错，按过错比例分担责任。
刑事责任
若违规发放行为符合《刑法》第168条“国有公司、企业、事业单位人员失职罪”或“国有公司、企业、事业单位人员滥用职权罪”的构成要件（如严重不负责任导致国有资产损失，或滥用职权违规发放），可能被追究刑事责任，处三年以下有期徒刑或拘役；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
二、损失挽回
追回多发款项
企业应立即启动内部核查程序，确认违规发放的具体金额、人员及发放依据，通过书面通知、协商或法律途径（如起诉）要求相关人员退还多发的加班费。若涉及第三方（如合作单位协助发放），需同步追责。
内部整改与制度完善
企业需修订薪酬管理制度，明确加班费发放标准、审批流程及监督机制（如设置多级审批、财务复核、审计监督等），防止类似问题再次发生。同时，对违规行为进行内部通报，强化员工合规意识。
三、预防措施
合规培训与审计
定期组织财务、人事部门及管理人员进行国有资产管理、薪酬合规培训，明确违规后果。引入外部审计机构定期审查薪酬发放情况，确保程序合法、金额准确。
建立举报与问责机制
设立内部举报渠道（如匿名举报邮箱、电话），鼓励员工监督违规行为。对举报属实的给予奖励，对隐瞒不报或参与违规的责任人加重处罚。
提示：若您所在企业已发生此类问题，建议立即整理相关证据（如发放记录、审批文件、损失计算依据等），并咨询专业律师评估责任范围及追责路径，避免损失扩大。如有进一步疑问，可直接向我提问。