若没有合同金额变更的书面文件，但实际发生了金额变更，建议通过以下方式处理和补充书面记录：

1. 补充签订书面变更协议
   根据《民法典》第五百四十三条，合同变更需当事人协商一致。即使原合同未约定变更形式，建议双方签订书面补充协议，明确变更后的金额、变更原因、生效时间等核心条款，并由双方签字盖章。这是最规范、风险最低的方式，可避免后续争议。

2. 通过邮件、微信等书面形式确认变更
   若因客观原因无法立即签订补充协议，可通过邮件、微信、短信等可留痕的书面方式，由双方对变更金额进行确认。例如：“经协商，原合同金额由XX元调整为XX元，自XX日起生效。”此类记录需包含双方明确的意思表示，且内容完整、无歧义。

3. 通过实际履行行为推定变更
   若双方已按变更后的金额实际履行（如一方已支付新金额，另一方接受且未提出异议），根据《民法典》及相关司法解释，实际履行行为可视为对合同变更的默认同意。但需注意：

   • 需有连续、明确的履行行为（如多次按新金额支付/收款）；
     
   • 需排除其他可能解释（如部分支付、临时调整等）；
     
   • 此类方式风险较高，建议优先选择前两种方式。

4. 注意事项

   • 避免口头变更：口头变更难以举证，一旦发生争议，可能因无法证明变更事实而承担不利后果。
     
   • 保留证据：无论采用哪种方式，均需保留变更相关的证据（如补充协议、沟通记录、付款凭证等），以备后续需要。
     
   • 及时补签：若已通过实际履行变更金额，建议事后尽快补签书面协议，进一步固化变更事实。

总结：合同金额变更虽无强制要求书面形式，但为降低风险，建议优先签订书面补充协议；若条件不允许，可通过可留痕的书面方式确认或通过实际履行推定变更，但需注意证据保留和风险防范。如有具体案例或需要进一步分析，可直接向我咨询。