若营业执照注销过程中碰到案件，需根据案件性质和注销阶段分情况处理，核心原则是依法配合调查并妥善处理注销事宜。以下是具体分析：

1. 若案件与注销主体（公司/个体户）直接相关，且注销程序尚未完成

   • 暂停注销程序：根据《市场主体登记管理条例》及实施细则，若市场主体涉及重大法律纠纷（如诉讼、仲裁、行政处罚等），登记机关可能要求暂停注销登记。此时需立即停止提交注销材料或签署清算报告，避免因“恶意注销逃避债务”承担连带责任。
     
   • 配合调查与清算：若案件涉及债务纠纷（如未清偿贷款、拖欠工资等），需在清算组成立后，依法通知债权人申报债权，并将案件处理结果（如赔偿金额、和解协议等）纳入清算方案。若案件涉及刑事犯罪（如单位犯罪），需配合公安机关调查，保留相关证据材料。
     
   • 特殊情形处理：若公司被吊销营业执照后未及时注销，且涉及案件，需先解决案件（如缴纳罚款、完成整改）后再申请注销；若个体户因个人债务被起诉，注销营业执照不影响债务承担，仍需以个人财产偿还。

2. 若案件与注销主体无关，或注销程序已完成但案件后续涉及原主体

   • 已注销主体的法律责任：根据《公司法》及司法解释，公司注销后，若未依法清算或存在恶意注销情形（如未通知债权人、虚假清算报告），股东、董事可能需对未清偿债务承担连带责任。此时需收集注销程序合规的证据（如清算报告、债权人通知记录等）自证清白。
     
   • 个体户注销后的责任：个体户注销后，经营者仍需以个人财产对注销前的债务承担无限责任。若案件涉及原个体户经营行为（如合同纠纷、侵权纠纷），需积极应诉并举证债务已清偿或与自身无关。
     
   • 行政案件的后续处理：若注销前因行政处罚（如环保罚款、税务违法）被起诉，注销后行政机关仍可追究原主体责任，但执行对象可能转为股东或实际控制人（需根据具体行政法规判断）。

建议行动步骤：

1. 立即评估案件性质：区分民事、刑事或行政案件，明确案件与注销主体的关联性；
   
2. 咨询专业律师：根据案件类型（如合同纠纷、劳动争议、税务违法等）制定应对策略，避免因程序瑕疵扩大风险；
   
3. 整理证据材料：包括注销申请文件、清算报告、债权人通知记录、案件相关合同或凭证等；
   
4. 与登记机关沟通：若注销被暂停，需提交案件处理进展说明，申请恢复注销程序（如案件已结案或达成和解）。
   

若有具体案件细节或注销阶段问题，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供进一步分析。