重大变更未由主要负责人批准审批，是否构成处罚项，需结合具体情境与法律规定来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、行政处罚角度

在行政管理中，许多重大变更事项，如企业经营范围的变更、重大投资决策的变更等，通常需要经过主要负责人或相关决策机构的批准审批。若相关法律法规或规章明确规定，此类重大变更必须由主要负责人批准审批，而实际未履行该程序，则可能构成违法违规行为。在此情况下，行政机关有权依据相关法律法规对违规主体进行处罚，处罚措施可能包括警告、罚款、责令改正等。

举例说明：假设某企业未经主要负责人批准，擅自变更了其经营范围，且该变更涉及需要前置审批的特殊行业。根据相关法律法规，该变更必须经过主要负责人批准并报相关部门审批。若企业未履行该程序，则可能面临行政处罚，如罚款或责令限期改正。

二、刑事责任角度

在刑事法律领域，重大变更未由主要负责人批准审批，通常不会直接构成犯罪。然而，如果该变更行为导致了严重后果，如重大安全事故、环境污染等，且主要负责人或相关责任人员存在故意或重大过失，则可能构成犯罪，如重大责任事故罪、污染环境罪等。但此时，处罚的焦点在于变更行为导致的后果以及责任人员的过错程度，而非变更行为本身是否经过主要负责人批准审批。

举例说明：假设某建筑公司未经主要负责人批准，擅自变更了施工方案，导致建筑物倒塌，造成多人伤亡。在此情况下，主要负责人或相关责任人员可能因涉嫌重大责任事故罪而面临刑事处罚。但处罚的依据是倒塌事故及其造成的后果，而非施工方案变更是否经过批准审批。

三、合同与民事责任角度

在合同法律关系中，如果合同明确约定了重大变更需经主要负责人批准审批，而一方未履行该程序即擅自变更合同内容，则可能构成违约行为。受损方有权依据合同约定或法律规定要求违约方承担违约责任，如赔偿损失、继续履行等。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份建设工程施工合同，合同约定任何重大设计变更均需经甲方主要负责人批准。若乙方未经批准擅自变更了设计方案，导致工程成本增加或工期延误，则甲方有权要求乙方承担违约责任，如赔偿因变更导致的额外损失。

四、内部管理角度

从企业内部管理的角度来看，重大变更未由主要负责人批准审批可能违反了企业的内部规章制度或决策程序。这可能导致企业内部管理混乱、决策失误或责任不清等问题。虽然这种情况通常不会直接引发法律处罚，但可能影响企业的运营效率和声誉。

建议：为避免潜在的法律风险和管理问题，企业应建立健全的内部决策机制和审批流程，确保重大变更事项能够经过主要负责人或相关决策机构的批准审批。同时，企业还应加强对员工的法律培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识。

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