若违法占地行为已经完成确权，需分情况处理，核心结论如下：

1. 确权程序存在重大违法，可申请撤销确权决定
   根据《行政复议法》第12条及《土地管理法》第14条，若确权过程中存在“未依法公告、未实地调查、未听取利害关系人意见”等程序违法情形，或确权依据（如土地权属证明）系伪造、变造，当事人可在知道确权决定之日起60日内申请行政复议，或6个月内直接提起行政诉讼，要求撤销确权决定。例如，某村集体未经村民会议讨论，擅自将集体土地确权给个人，此类确权行为因违反民主议定程序，法院通常会判决撤销。

2. 确权后发现占地行为本身违法，需承担行政或刑事责任
   若占地行为违反《土地管理法》第44条（未经批准非法占地）或第77条（超过批准数量占地），即使已完成确权，自然资源主管部门仍可依据《土地管理法实施条例》第57条，责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物，并处罚款（每平方米100-1000元）。若占地面积超过5亩且造成耕地严重毁坏，可能触犯《刑法》第342条非法占用农用地罪，处5年以下有期徒刑或拘役。例如，某企业通过伪造确权文件占用基本农田10亩建厂，除行政处罚外，企业负责人可能被追究刑事责任。

3. 确权后可通过合法途径补办手续，规避法律风险
   若占地行为因历史原因未获审批，但符合土地利用总体规划，可依据《土地管理法》第53条，向县级政府申请补办用地审批手续。例如，某村民在1998年前自建住房未办理审批，2020年确权后，可凭确权证书向自然资源局申请补办宅基地使用权证，经公示无异议后，可合法取得土地使用权。

行动建议：

• 立即核查确权程序的合法性，重点审查公告、调查、听证等环节是否到位；
  
• 若占地行为本身违法，尽快与自然资源部门沟通，主动退还土地或补办手续，以减轻处罚；
  
• 涉及刑事风险的，建议委托律师介入，通过“自首+退赃+生态修复”等情节争取从宽处理。
  

如有具体案件细节（如占地时间、土地性质、确权主体等），可进一步向我咨询，我将结合《土地管理法》《行政处罚法》等法规提供针对性方案。