当第三人主体变更为被告时，法院会根据不同情况采取相应的处理措施，具体如下：

1. 审查变更的合法性与必要性
   法院首先会审查第三人变更为被告的请求是否符合法律规定的条件。例如，若第三人原本是案件中的无独立请求权第三人，但因其与案件处理结果存在法律上的利害关系，且该利害关系直接影响案件实体权利义务的归属，当事人（通常为原告或被告）可能申请将其变更为被告。法院会重点审查变更请求是否基于新事实、新证据或法律关系的实质变化，避免程序滥用。

2. 通知相关当事人并保障程序权利
   若法院认为变更请求具有合法性与必要性，会依法向原第三人（现被告）送达变更通知书，明确告知其被告身份及诉讼权利义务（如答辩期、举证期等）。同时，法院会通知其他当事人（如原告、原被告），确保其知悉程序变更并有机会调整诉讼策略。此步骤旨在维护程序公正，避免因身份突变导致当事人诉讼权利受损。

3. 重新确定诉讼标的与审理范围
   第三人变更为被告后，诉讼标的可能发生变化。例如，原争议焦点可能从“原告与被告之间的权利义务”扩展至“原告、原被告与现被告之间的三方权利义务”。法院会重新梳理法律关系，明确各方主张的法律依据及事实基础，必要时可要求当事人补充证据或调整诉讼请求。若变更导致原审理范围无法涵盖新争议，法院可能裁定终结原程序并启动新诉讼，或直接合并审理。

4. 依据实体法与程序法作出裁判
   法院最终会根据变更后的诉讼主体关系，结合实体法（如《民法典》合同编、侵权责任编等）与程序法（如《民事诉讼法》关于第三人参加诉讼的规定）进行裁判。若现被告需承担实体责任，法院会判决其履行相应义务；若变更请求缺乏依据，法院会驳回申请并维持原诉讼结构。裁判结果需同时兼顾程序效率与实体公正，避免因程序变更导致案件久拖不决。

特殊情形处理：

• 若第三人主动申请变更为被告：法院除审查合法性外，还需评估其变更动机是否正当（如为逃避原第三人责任而主动“升级”为被告），防止程序被滥用。
  
• 若变更导致管辖权变化：例如，现被告住所地与原法院管辖范围不一致，法院可能依据《民事诉讼法》关于管辖的规定，将案件移送至有管辖权的法院，或由上级法院指定管辖。
  

总结：第三人变更为被告是诉讼程序中的重大变更，法院会严格审查合法性、保障程序权利、重新确定审理范围，并最终依据法律作出公正裁判。若您遇到此类问题，可直接向我咨询具体案件中的程序操作与实体权利保护策略。